Цицерон прибыл к стенам Рима 4 января 49 г. и попал «прямо в разгар гражданской усобицы»: борьба между Помпеем и приверженной к нему сенатской партией, с одной стороны, и Цезарем – с другой тогда именно грозила перейти в междоусобную войну. Из-за военных подвигов его в Киликии Цицерон питал надежду на триумф и поэтому остался за городом со своими ликторами, носившими пучки, перевитые лаврами; но среди бурь честолюбивые его надежды рушились, хотя он целый год водил с собой своих ликторов. Когда вспыхнула война, он после некоторого колебания примкнул к Помпею, так как он с этой стороны все же надеялся прежде всего на сохранение республики, которую Цезарь, видимо, намеревался сокрушить. Цицерон последовал за Помпеем в Грецию, хотя и не одобрял его бегства и его образа действия вообще и ждал мало добра для государства от победы оптиматской партии; но во время битвы при Ферсале он лежал больной в Диррахиуме. После этого сражения он считал борьбу конченной. На совещании, которое вожаки побежденной партии имели между собой в Корцире, он отклонил от себя предложение Катона принять главное начальство над войском, и в то время как большинство помпейцев обратилось в Африку, он вернулся в Италию, где в самом угнетенном настроении ожидал в Брундизиуме возвращения Цезаря из Египта. Когда же последний в начале сентября 47 г. высадился, наконец, в Таренте, то Цицерон поспешил ему навстречу, чтобы установить с ним мир. Цезарь отнесся к 66-летнему мужу, все еще пользовавшемуся большим почетом, с дружеской предупредительностью. Когда Цицерон стал к нему подходить, то Цезарь оставил свои носилки и обнял его; затем он с одним Цицероном пошел впереди других и долго с ним совещался. И с тех пор он всегда относился к нему, говорит Плутарх, с уважением и любовью.
Но Цицерон не мог свыкнуться с новым порядком вещей. Сердце его было привязано к прошедшему, к республике, спасение которой было самым славным делом его жизни; владычество одного – хотя бы этот один и был наилучшим, хотя бы этот владыка и относился к нему с возможной мягкостью и внимательностью – было противно его внутреннему чувству, огорчало его, тем более что он после продолжительного блестящего поприща был осужден на бездействие, обречен на роль незначительную. К тому же и несчастные семейные обстоятельства, как развод с его супругой Теренцией, разлад с его братом и всего более смерть его любимой дочери Тулии причинили ему немало горя и печали. Поэтому он удалился от общественной жизни и проживал большей частью на своих виллах, где в тихом общении с природой и с науками искал развлечения, утехи и покоя. В особенности он много занимался философией, которой был предан смолоду. В эти годы он писал чрезвычайно много; так, к этому времени относятся книги «О крайних пределах добра и зла» (de finibus bonorum et malorum), «Академические исследования» (Academica), «Тускуданские рассуждения» (Tusculanae disputationes), «О природе богов» (de natura deorum), «О нравственных обязанностях» (de officiis), посвященные учившемуся в Афинах сыну и др., а также сочинения риторического содержания. Лишь изредка являлся он в город, чтобы защищать перед Цезарем того или иного из своих друзей или прежних единомышленников, таких как Марцелл, Лигарий, Дейотар.