Это событие послужило причиной повторного похода Теодроса II в Шоа. На этот раз он покорил провинцию с трудом. По его словам, если бы шоанские солдаты в тот первый поход сражались с такой отвагой, как теперь, то он не смог бы их победить.
Во время этого похода в 1860 г. Анкобэр был полностью уничтожен. В 1855 г. Теодрос пощадил этот город, частично сожженный Хайле-Мэлекотом. Он не допустил грабежа, чтобы не восстанавливать против себя местное население, желая создать впечатление, что Шоа признала его власть добровольно. Теперь же он отдал Анкобэр на разграбление своим солдатам. Вновь овладев Шоа, Теодрос снова назначил ее правителем князя Бэззаббыха и ушел в Бэгемдыр.
В это время заболела и вскоре умерла супруга императора Тоуабэч, что явилось тяжелым ударом для Теодроса, очень любившего свою жену. Она была ему преданным другом и его политическим союзником. Тоуабэч похоронили в Гыше. По обычаю в Эфиопии был объявлен многодневный траур, во время которого в окрестностях Гондэра поднял мятеж прославленный в этих краях воин, известный своим большим мужеством лидж Гарэд, задумавший установить власть над всей областью Амхара. Как сын дэджача Кынфу, слава которого еще была жива, он получил относительно большую поддержку среди местного населения.
Едва император подавил мятеж лиджа Гарэда, как, в окрестностях озера Тана вспыхнул новый мятеж, который возглавил Бырру-Хайлу. Когда, отступая, Бырру-Хайлу укрылся на одном из островов озера, то Теодрос посадил своих солдат на легкие лодки, так называемые танкуа, и разбил его. Бырру-Хайлу был убит.
Против императора выступил также правитель провинции Годжам дэджач Тэдла-Гуалу. Он имел достаточно крупные силы, и бороться с ним Теодросу было трудно. Но еще в том же 1860 г. Тэдла-Гуалу заболел и умер.
Мятеж дэджазмача Ныгусе
Самым крупным выступлением против Теодроса II в эти годы был мятеж дэджазмача Ныгусе из провинции Тигре. Считают, что он был родственником дэджача Уыбе, что в какой-то мере могло бы объяснить его быструю карьеру. Однако имеются мнения, что он не только не принадлежал к кругам крупной местной знати, а был выходцем из народа агау. Так или иначе Ныгусе, после битвы при Дэресге занимавший небольшой пост в Сымене, к 1858 г. овладел почти всей провинцией Тигре. В том же году он провозгласил себя ее ныгусэ. Он намеревался также захватить императорскую корону. Будучи противником реформ, проводимых Теодросом, Ныгусе стал очень популярен среди наиболее отсталых и придерживавшихся старых традиций феодальных кругов. В начале 1858 г. Ныгусе захватил всю северную Эфиопию.
Чтобы увеличить свои силы накануне выступления против Теодроса, Ныгусе в ноябре 1859 г. направил послов к Наполеону III и папе Пию IX с многочисленными дарами с просьбой оказать ему помощь. Во главе эфиопского посольства, прибывшего в Париж в январе 1860 г., находился абба Ымнэту, эфиопский князь католического вероисповедания из окружения Ныгусе, хотя последний на словах выступал против католиков.
Трудно объяснить, почему Ныгусе искал покровительства папы и этим восстанавливал против себя духовенство эфиопской церкви, имевшей большое влияние. Возможно, он считал, что поддержка папы обеспечит ему помощь Франции. По его мнению, эта помощь была необходимым условием победы в окончательном сражении с императорской армией.
В то время, когда Ныгусе направил посольство во Францию, католические круги уже проинформировали Наполеона III, что в борьбе за императорскую власть в Эфиопии успех скорее всего будет на стороне Ныгусе. В такой ситуации Париж очень дружелюбно принял его послов, тем более что уже издавна существовали традиции эфиопско-французских контактов. Послам была обещана помощь. Ко двору Ныгусе был направлен капитан де Рюссель, в задачи которого входило наладить непосредственные связи между Ныгусе и Францией.
К тому времени, когда де Рюссель прибыл в Массауа, положение в корне изменилось: Теодрос II решил расправиться с восставшими в Тигре. Он объявил, что за поимку Ныгусе даст награду, какую до этого никто не получал, и сам выступил против него. После нескольких сражений в январе 1861 г. силы Ныгусе так уменьшились, что у него осталось всего лишь несколько тысяч солдат. Положение Ныгусе осложнялось враждебностью эфиопского духовенства, считавшего его почти католиком за контакты с папой. Войска Теодроса окружили небольшую армию ныгусэ Тигре в северном Тэмбене недалеко от Аксума и разбили ее. По приказу императора захваченному в плен Ныгусе и его брату сначала отрубили правую руку и левую ногу, а затем убили. Погибли также многие феодалы, служившие под его началом.