Первые годы правления Бэкаффы отмечены частыми заговорами против него. Набиравшие силу группировки светских и церковных феодалов вели каждая свою политику. Вместе с экономическим процветанием, наступившим в результате реформ Иясу I, усиливался процесс упрочения позиций отдельных магнатов, управляющих успешно развивавшимися областями. Любой крупный сановник в государстве мог себе позволить иметь собственную армию и, чувствуя свою силу, был склонен вмешиваться в государственные дела, поддерживать одних и выступать против других кандидатов на престол. Бэкаффа оказался в довольно сложной ситуации. В 1723–1725 гг. усилились беспорядки, связанные с борьбой за власть. В 1723 г. Бэкаффа вернулся из большого похода против галла, которые перешли Аббай и разорили окрестные провинции. Он нашел Гондэр в состоянии полного разложения. Солдаты, пользуясь отсутствием правителя, веселились и пьянствовали. Император быстро ликвидировал распущенность среди солдат и провел в армии шум шыр, сменив военачальников. Вскоре после этого события умерла мать императора уойзэро Марьямауит. Бэкаффа похоронил ее в Дэбрэ-Бырхан-Сылласе с пышными церемониями. В 1724 г. он произвел многочисленные перемещения на придворных, церковных и провинциальных постах. Дэджач Амхайес, содействовавший Бэкаффе в освобождении из Уохни-Амба, получил пост раса битуоддэда. Вместо ычэге Тэкле-Хайманота был назначен ычэге Йоханныс. Одна из сестер Бэкаффы, уойзэро Уолетэ-Руфаэль, вместе с сыном Сусныйосом и правителем Сымена организовали неудавшееся покушение на императора. Организаторы заговора были сосланы в Уолькайт. К тому времени рас битуоддэд Амхайес, находившийся уже в оппозиции к императору, вызвал из Уохни-Амба принца Наода и пытался провозгласить его императором. Однако Бэкаффе удалось поймать Наода. Ему отрубили руки и ноги. Наод умер от потери крови. А рас Амхайес ушел от преследования и укрылся в Ласте, где вскоре присоединился к вооруженному антиимператорскому выступлению Губала, правителя Ласты. В отсутствие императора в Гондэре провозгласил себя императором Хызкыяс. Его схватили, и император приказал отрубить ему руки. Этими событиями не завершается перечень заговоров и покушений на жизнь императора. Часто сменялись придворные сановники, не менее часто менялись люди на высоких постах в провинциях. В отношении мятежников Бэкаффа чаще всего применял жестокие репрессии, причем самым распространенным методом было отсечение рук и ног.
Бэкаффа, продолжая политику своего великого предшественника Иясу I, заботился об экономическом и культурном развитии Эфиопии. Он выписывал из Египта ремесленников, в частности кораблестроителей, построивших корабль на озере Тана. Он воздвиг также огромный храм св. Руфаэля. При нем продолжалось развитие литературного творчества — как в области религиозной литературы, так и летописания и художественной литературы.
Императрица Мынтыуаб и Иясу II
Женой императора Бэкаффы была ытеге Мынтыуаб. Он женился на ней, руководствуясь скорее чувством, чем политическими соображениями. Она была дочерью одного балаббата из народности куара, у которого император остановился однажды, будучи больным. Необыкновенная красота ухаживавшей за ним во время болезни дочери балаббата так очаровала правителя, что он обвенчался сразу же по выздоровлении и позднее короновал ее императрицей. Прекрасная Мынтыуаб не играла, кажется, большой политической роли во время правления Бэкаффы. Однако после его смерти она стала одной из выдающихся деятельниц. Красота и обаяние сочетались в ней с незаурядным дипломатическим талантом и любовью к литературе и искусству.