В эту эпоху на первое место выдвинулись другие научные центры — Родос и Пергам. Развитие науки на острове Родос было стимулировано еще в конце IV в. Эвдемом Родосским, учеником Аристотеля, который после смерти своего учителя вернулся на родину и основал там нечто вроде филиала перипатетической школы (чего не удалось сделать Деметрию Фалерскому и Стратону Лампсакскому в Александрии). Хотя Эвдем и не был особенно большим ученым (об этом мы уже писали во второй главе, в разделе, посвященном перипатетической школе), все же брошенные им семена упали на Родосе на благоприятную почву. Не случайно во II в. там жил и работал Гиппарх, а в начале I в. свою вторую родину на Родосе нашел философ-стоик и универсальный ученый Посидоний из Апамеи. Его труды по философии, истории, географии, метеорологии и астрономии пользовались в эпоху поздней античности колоссальной популярностью. Но его слабым местом была математика, и в этом отношении Посидоний никак не может считаться продолжателем александрийской научной школы.
Что касается Пергама, то там, как и в Александрии, решающим фактором, определившим развитие научных исследований начиная с конца III в., явилась огромная библиотека, за короткое время собранная властителями Пергамского царства Атталидами. По числу содержавшихся в ней свитков эта библиотека стояла в античном мире на втором месте после александрийской. Однако общее направление научных работ, выполнявшихся в Пергаме, существенно отличалось от направления александрийской школы. Ничего подобного достижениям великих математиков III в. Эвклида, Архимеда, Аполлония из Перги пергамские ученые не могли создать, хотя и там велись — правда, в ограниченном объеме — математические и астрономические исследования. Основной специальностью пергамской школы были филологические и грамматические изыскания. Величайшим пергамским филологом начала II в. был Кратес из Малла, современник и научный противник Аристарха Самофракийского. Помимо многочисленных критических и экзегетических работ о поэмах Гомера, которые истолковывались Кратесом в аллегорическом смысле (в значительной степени под влиянием стоической философии), а также комментариев к Гесиоду, Эврипиду, Аристофану и другим авторам, особое значение имел большой труд Кратеса «Об аттическом диалекте» (Περί 'Αττικής διαλέκτον), который может рассматриваться в качестве первого в Греции научного сочинения по лингвистике — науке, до этого времени еще не существовавшей. Среди учеников Кратеса древние источники называют стоика Панэтия (учителя Цицерона), Зенодота из Малла (которого не следует путать с первым александрийским библиотекарем Зенодотом), Деметрия Иксиона и других ученых, оказавших значительное влияние на позднеэллинистическую и римскую филологию. Любопытно, что столица царства Селевкидов Антиохия на Оронте, будучи большим и славившимся своей красотой городом, не стала сколько-нибудь заметным научным центром. В первую очередь этот факт следует, видимо, объяснить личными качествами правителей этого царства, которые в отличие от первых Птолемеев не проявляли большого интереса к науке. Мы, правда, знаем, что в Антиохии при первом царе династии Селевкидов Селевке I Никаторе какое-то время жил знаменитый врач и анатом Эрасистрат, но этот факт никак не повлиял на развитие науки в Антиохии.
Вернемся к александрийским делам. Несмотря на упадок научной жизни в Александрии в конце II и в I в., Библиотека и Мусейон оставались важнейшими достопримечательностями египетской столицы и худо ли бедно ли, но продолжали функционировать. Но в 47 г. наука древнего мира понесла тяжелый удар: в ходе так называемой «александрийской» войны, которую Юлий Цезарь вел во время своего пребывания в Египте, в прибрежных районах Александрии вспыхнул пожар, перекинувшийся на дворцовый комплекс. В результате этого пожара погибла значительная часть рукописей царской Библиотеки (точных масштабов этой катастрофы мы не знаем и, конечно, никогда не узнаем).