Евреи не менее сильно пострадали от бунта, который произошел в Вильно, столице Литвы, после ее занятия объединенной армией московитов и казаков в августе 1655 года. Большая часть виленской общины спасалась бегством. Те, кто остался, были либо убиты, либо сосланы из города по повелению царя Алексея Михайловича, желавшего выполнить просьбу местных русских горожан об избавлении их от конкурентов-евреев.
Вскоре после этого та же участь постигла центральные польские губернии на Висле и реке Сан, которые до сих пор были избавлены от ужасов казаков и московитов. Вторжение в Швецию, третьего врага Польши (1655-1658), принесло кровопролитие в самое сердце страны. Шведский король Карл Густав покорял один город за другим, как старую, так и новую столицу, Краков и Варшаву, быстро сдаваясь ему. Большая часть Великой и Малой Польши попала в руки шведов, и польский король Ян Казимир был вынужден бежать в Силезию.
Легкие победы шведов были результатом глубоко укоренившейся в Польше анархии и политической деморализации. Именно предательство бывшего польского субканцлера Радзиевского привело шведов в Польшу, а трусость шляхты поспешно сдала врагу города Познань, Калиш, Краков и Вильно. Кроме того, шведов приветствовали польские протестанты и кальвинисты, которые искали своего спасения в северной протестантской державе так же, как казаки ожидали своего спасения от православной России.
Евреи были единственными, кто не имел политической выгоды в предательстве своей страны, и их дружеское отношение к шведам не более чем соответствовало поведению шведов по отношению к ним. Во всяком случае, их патриотизм вызывал подозрения не больше, чем патриотизм самих поляков, присоединившихся к власти Швеции, чтобы избавиться от ига Московии. Тем не менее за это отсутствие патриотизма евреям пришлось заплатить ужасную цену. Они оказались, по словам современника-летописца, в положении человека, который «убегает от льва, а встречает медведя». Евреи, которых шведы пощадили, теперь были уничтожены патриотически настроенными поляками, обвинившими их в нелояльности. Банды польских иррегулярных войск, организованные в 1656 г. под командованием генерала Чарнецкого для спасения страны от захватчиков, обрушили свою ярость на евреев во всех местностях, которые они отвоевали у шведов.
Резня евреев началась в Великой и Малой Польше, не уступая по степени варварства бойням, которые восемью годами ранее были совершены на Украине. Польские войска Чернецкого научились у казаков искусству истребления евреев. Почти все еврейские общины в Позенской губернии, за исключением города Познани, а также в Калишской, Краковской и Петрковской губерниях, были уничтожены спасителями польского отечества. Жестокий и злой Чарнецкий, если использовать эпитеты, применяемые к нему еврейскими летописцами, или, вернее, шедшая за ним польская толпа, совершали зверства, поистине достойные казаков. Они пытали и убивали раввинов, насиловали женщин, убивали евреев сотнями, щадя только тех, кто хотел стать католиком. Эти зверства, как правило, совершались по следам отступающих шведов, которые вели себя по-человечески по отношению к еврейскому населению. Гуманность, проявленная шведами к евреям, была отмщена бесчеловечностью поляков.
В то время как банды Чернецкого нападали на евреев в Западной Польше, москвичи и казаки продолжали развлекаться в восточных районах и в Литве. Только в 1658 г. ужасы войны начали постепенно утихать, и только после ужасных потерь и унизительных уступок России и Швеции Польша смогла восстановить свой политический порядок, который был поколеблен до основания в предшествующие годы.
Потери, нанесенные евреям Польши в роковое десятилетие 1648-1658 гг., были ужасающими. В отчетах летописцев число еврейских жертв колеблется от ста тысяч до пятисот тысяч. Но даже если принять меньшую цифру, число жертв все равно остается колоссальным, превосходящим катастрофы Крестовых походов и Черной смерти в Западной Европе. Около семисот еврейских общин в Польше подверглись резне и грабежам. В украинских городах, расположенных на левобережье Днепра, в области, населенной казаками, в нынешних губерниях Черниговской, Полтавской и части Киевской еврейские общины исчезли почти полностью. В местностях правобережья Днепра или польской части Украины, а также Волыни и Подолии, везде, где появлялись казаки, уцелело лишь около одной десятой части еврейского населения. Остальные либо погибли во время восстания Хмельницкого, либо были уведены татарами в Турцию, либо эмигрировали в Литву, центральные губернии Польши или страны Западной Европы. По всей Европе и Азии можно было встретить еврейских беженцев или военнопленных, бежавших из Польши или похищенных татарами и выкупленных своими собратьями. Повсюду странники рассказывали страшную историю о горестях своих соотечественников и о мученической гибели сотен еврейских общин.