Но и обратный путь оказался нелегким. По рекам — на судах и по берегу — армия спустилась к морю, подчиняя по пути города и крепости народов, живших по побережью Инда (в одной из этих экспедиций Александр едва не погиб). От устья Инда часть армии под командованием Неарха отправилась морем к устью Евфрата и Тигра, другую часть Александр повел по побережью Индийского моря через безводные районы Гедрозии, а еще одна часть — македонская пехота и слоны — еще задолго до прибытия к морю была отправлена во главе с Кратером через Арахозию и Дрангиану, по-видимому, по одному из известных в то время караванных путей. В начале 324 г. флот Неарха вошел в устье Тигра, а войска, отправившиеся сухопутным путем, прибыли в Сузы. Здесь было торжественно отпраздновано завершение похода. При этом, очевидно, в знак образования новой, македоно-персидской державы были отпразднованы свадьбы Александра, его военачальников и воинов с женщинами покоренных народов.
Теперь на первое место перед Александром и его «друзьями» выдвинулась задача организации управления этой державой. Во время похода Александр поручал управление завоеванными областями (сохраняя в основном прежнее административное деление) стратегам — командирам гарнизонов и сатрапам, которых он выбирал из числа «друзей» или перешедших на его сторону персидских вельмож; для сбора податей иногда назначались специальные лица. Однако многие из сатрапов и начальников гарнизонов или оказались неблагонадежными, или своими хищениями и вымогательством вызывали недовольство местного населения, или просто не справились со своими обязанностями. Не меняя сложившейся системы управления, Александр смещал и казнил провинившихся и заменял их новыми.
Сразу же по возвращении из похода встал вопрос о реорганизации армии. Александр объявил о роспуске и отправке на родину значительной части ветеранов из македонской пехоты и конницы, предполагая пополнить фалангу и гетайров воинами из восточных сатрапий, обученных македонскому военному искусству. Однако это вызвало возмущение в армии, стоявшей в это время в Описе; конфликт был урегулирован взаимными уступками: ветераны, щедро награжденные Александром, под командованием Кратера, который должен был сменить Антипатра, направлялись в Македонию, а Антипатр должен был привести пополнение для македонских частей. В полках из обученных по-македонски туземных воинов в каждом подразделении македонянам предоставлялись командные должности и повышенное жалованье. Примирение с ветеранами закончилось грандиозным пиром, на котором, по словам Арриана (VII, 11, 9), совершались возлияния и молились «о согласии и единении царств македонского и персидского».
Важным элементом в организации управления державой становились вновь основанные Александром (или уже существовавшие ранее) города, где размещались гарнизоны и поселялись непригодные к дальнейшей военной службе македоняне и греки. Новые города возводились в стратегически важных пунктах и на перекрестках торговых путей; некоторые из них впоследствии выросли в крупные административно-торговые центры, получили статус полиса.
В научной литературе большое внимание уделяется отношению Александра к полисам Греции, Эгеиды и Малой Азии. Несомненно, что позиция Александра в этом вопросе не была однозначной и определялась конкретной политической ситуацией (что было отмечено еще И. Дройзеном). Если в начале похода, чтобы обеспечить прочность тыла и успех военных операций в Малой Азии, осуществлялась политика освобождения полисов от персидского господства и связанных с ним экономических и политических тягот, в частности от олигархических и тиранических режимов, поддерживаемых персами, то постепенно эта политика меняется, и после завершения похода и создания огромной державы с центром в Месопотамии полисы Греции и Малой Азии стали рассматриваться уже как мелкие политические единицы на периферии державы, обязанные подчиняться предписаниям верховной власти. Отражением этой политики является оглашенное в 324 г. на Олимпийских играх предписание Александра о возвращении в греческие полисы всех изгнанников, кроме виновных в святотатстве и убийстве. При этом Антипатру поручалось применить силу к тем полисам, которые откажутся принять изгнанных. Этот акт был открытым нарушением постановлений Коринфского конгресса: по сути дела, Александр вмешивался во внутренние дела полиса, отменял решения народных собраний.