Капитан Фигероа в 1591 г. был назначен пожизненным губернатором еще не завоеванного острова Минданао. На него возлагалась обязанность «замирить» султанат Магинданао и основать испанскую колонию в бассейне Пуланги. Экспедиция Фигероа, под командованием которого находились весьма крупные силы (50 кораблей, более 200 солдат-испанцев и 1,5 тыс. филиппинцев), в апреле 1596 г. достигла устья Пуланги. Однако развернуть военные действия Фигероа не смог. В первом же сражении он был убит мусульманами. Военные операции против моро после гибели капитала не принесли испанцам успеха, им удалось только соорудить форт в местечке Тампакан.
В феврале 1597 г. на Минданао был прислан новый испанский губернатор Хуан Ронкильо со свежими военными силами и с заданием продолжать экспансию. В военной кампании 1597–1598 гг. испанским колонизаторам противостоял прочный военно-политический союз султанатов Магинданао и Тернате. Султаны Тернате были заинтересованы в том, чтобы защитить Минданао от европейской агрессии, не допустив колонизаторов к границам Молуккских островов. Поблизости от Тампакана моро выстроили крепость, откуда совершали нападения на опорную базу колонизаторов. По свидетельству испанских источников, на испанцев сильное впечатление производила отчаянная храбрость мусульманских воинов, вооруженных лишь малайскими ножами-крисами и мечами-кампиланами и тем не менее отражавших атаки испанских солдат, имевших огнестрельное оружие. Ронкильо в донесениях генерал-губернатору указывал на организованность сопротивления моро и отмечал, что «мусульманские вожди в отличие от правителей Лусона пользуются несравненно большим авторитетом и властью». В 1598 г. испанцы, изнуренные атаками мусульман, испытывая трудности с коммуникациями и снабжением войск, перевели гарнизон из Тампакана в крепость Ла-Кальдера, выстроенную на крайней северо-западной оконечности Минданао (в нескольких километрах от современной Замбоанги), поблизости от испанских владений. В конце 1598 г. Ронкильо вернулся в Манилу, не выполнив миссии по колонизации Минданао. Таков, был итог первого, начального этапа «войн моро».
В последующие годы (до начала XVII в.) мусульмане продолжали тревожить испанцев, совершая набеги на территории испанской колонии. Ежегодно с юго-западными муссонами лодки моро, легко уходившие от преследования тихоходных испанских галионов, устремлялись к Висайским островам, а нередко подплывали и к берегам Лусона. В результате этих набегов моро увозили ценности из разрушенных церквей и большие. партии пленников-христиан. Взятых в плен испанцев за выкуп возвращали в Манилу, филиппинцев-христиан превращали в рабов, используя их в качестве гребцов на военных и торговых судах. Пленные филиппинцы, переходившие в мусульманство, получали свободу, и многие из них сами становились участниками морских набегов на христианские районы Филиппин. До начала XVII в. борьба моро ограничивалась морским пиратством, правящие круги султанатов не пытались организовать крупные военные экспедиции.
На рубеже XVI–XVII вв. стали замедляться темпы и сокращаться масштабы испанской колониальной экспансии в связи с начавшимся во второй половине XVI в. ослаблением экономических, политических и международных позиций феодально-абсолютистской Испании. К концу XVI в. относится неудавшаяся попытка испанцев проникнуть на территорию Китая, используя в качестве плацдарма Филиппины. В 1598 г. испанцы вторглись на Тайвань, рассчитывая захватить остров и превратить его в базу для дальнейшего продвижения на континент. Но закрепиться на Тайване они не смогли и отказались от планов вторжения на китайскую территорию.
Территориальные захваты Испании в Полинезии и Австралии (на рубеже XVII в.) были незначительны и недолго удерживались испанскими колонизаторами. Филиппины оставались единственным прочным «приобретением» Испании в Азии.
Испанское завоевание превратило Филиппинский архипелаг в составную часть гигантской колониальной империи Испании. В 1571 г. Манила была объявлена столицей испанской колонии, административно подчинявшейся Мексиканскому вице-королевству, первым губернатором Филиппин был назначен Легаспи. В устье Пасига, где до прихода колонизаторов теснились свайные жилища малайских селений, поднялись каменные башни и стены города-крепости Интрамуроса («Город внутри стен»), заселенного испанцами центра Манилы.
Формы и методы испанской колониальной политики на архипелаге базировались на опыте колонизации Латинской Америки, но было и немало отличий, порожденных конкретными условиями Филиппин. Установление испанского режима на Филиппинских островах не сопровождалось катастрофическим уничтожением людских и материальных ресурсов, как это происходило на Американском континенте, где физическому истреблению подвергались целые народы.