Христианизация осуществлялась одновременно с военной экспансией и колонизацией. Задача миссионеров заключалась в том, чтобы с помощью религиозной пропаганды окончательно «замирять» захваченные территории и готовить их жителей к подчинению новой власти. На первых порах новая религия встречала недоверие, а нередко и откровенную враждебность состарены филиппинцев, для которых фигуры миссионера и конкистадора одинаково олицетворяли иноземную агрессию. Элементы насилия играли значительную роль, но в целом процесс христианизации Филиппин протекал более мирно, нежели религиозная экспансия в странах Латинской Америки (как и весь процесс завоевания и колонизации). За 1565–1570 гг. миссионерам удалось окрестить лишь 100 филиппинцев. Среди первых обращенных преобладали дружественные испанцам «союзные» дато и их семьи в развитых районах архипелага. Медленные темпы христианизации были связаны с малочисленностью миссионеров (по всей стране тогда действовало лишь несколько десятков августинцев), языковым барьером (монахи еще не успели изучить местные языки), продолжавшимся процессом завоевания. Со второй половины 70-х годов, когда в основном закончился военный этап колонизации, а число миссионеров увеличилось, положение резко изменилось. К началу 80-х годов было окрещено уже 100 тыс. филиппинцев, к 1586 г. — 170 тыс., к 1594 г. — 286 тыс., к 1600 г. — более 300 тыс. К 20-м годам XVII в. было христианизировано почти все население колонии (до 500 тыс. филиппинцев).
Быстрая и массовая христианизация Филиппин была обусловлена особенностями их исторического развития. Испанцы появились на архипелаге в период, когда там шло разложение первобытного строя и зарождение классового общества, нуждавшегося в отвечавшей его потребностям идеологической надстройке. Возникающее классовое общество создавало почву для утверждения единой господствующей религии. В южных районах архипелага этой новой религиозной идеологией, сменившей раннеклассовые религиозные представления, стал ислам. Испанское завоевание приостановило распространение ислама, очистив путь для христианства. Успехи испанских миссионеров в распространении католицизма объяснялись отсутствием на островах развитой религиозной идеологии, которая могла бы противостоять религии колонизаторов. Не случайно португальские миссионеры, действовавшие с не меньшим рвением в странах Востока, где задолго до появления европейцев утвердились мировые религии — ислам и буддизм, добивались ничтожных результатов. То же происходило и с испанскими миссионерами в Китае и Японии.
К началу массовой христианизации Филиппин католическая церковь располагала богатым арсеналом методов и приемов привлечения «язычников» в свое лоно, к их числу относилось изучение монахами местных языков, обычаев, культурных традиций, благодаря чему преодолевались недоверие и отчужденность филиппинского населения. Религиозные представления внушались уже детям в доступных для их восприятия формах. Так, учитывая врожденную музыкальность филиппинцев, миссионеры обучали детей католическим молитвам, которые перелагались стихами и пелись на мотивы народных песен. Всячески поощрялась организация театрализованных представлений на библейские сюжеты и пышных религиозных процессий, которые привлекали филиппинцев своей красочностью и способствовали пробуждению интереса к католицизму. Религиозная пропаганда велась в форме устных проповедей, так как религиозная литература была недоступна филиппинцам. В 1593 г. в Маниле была издана «Христианская доктрина» — первая печатная книга на латинском и тагальском языках. В 1597 г. появилось ее второе издание, отредактированное известным теологом-иезуитом кардиналом Беллармино. Издание 1597 г. легло в основу многочисленных «доктрин», переведенных на местные языки, которые служили основным пособием для миссионеров, действовавших в различных районах архипелага. В 70—80-е годы руководство орденов приступило к организации системы начального и среднего религиозного образования, распространявшейся лишь на детей местной верхушки. Что касается основной массы филиппинского населения, то «заботы» о воспитании их в духе «истинных христиан» целиком возлагались на монахов-миссионеров, которые следили за тем, чтобы жители балангаев неукоснительно выполняли все обряды и установления католической церкви.