В окружении президента последовательную антиимпериалистическую позицию занимал Мабини. Число единомышленников его стало расти. Антиимпериалистические взгляды распространились среди многих радикально настроенных политических деятелей, революционных генералов и командиров, интеллигенции. Мабини старался использовать дипломатические, политические и пропагандистские средства, для того чтобы добиться международного признания Филиппин как суверенного, независимого государства до подписания мирного договора между США и Испанией. Правительственные декреты, автором которых был Мабини, появившиеся в августе — сентябре 1898 г. и обращенные к правительствам европейских держав и США, ставили вопрос о международном признании независимости Филиппин и о признании их воюющей стороной. Последнее имело также немаловажное принципиальное значение, поскольку официальная американская пропаганда изображала Филиппины лишь в качестве второстепенного союзника США, приписывая американским вооруженным силам решающую роль в освобождении архипелага от испанских войск. Сознательное замалчивание военных успехов революционной армии использовалось правительством США как еще один повод для обоснования американских претензий на передачу в их руки Филиппинского архипелага. Сознавая, насколько невелики были шансы на признание Филиппин капиталистическими государствами, Мабини предлагал использовать противоречия между великими державами, апеллировать к мировому демократическому общественному мнению, антиимпериалистическим силам внутри каждой страны. Последнее главным образом касалось Соединенных Штатов, где испано-американская война вызвала подъем антиимпериалистического движения в довольно широких кругах либеральной интеллигенции и мелкой буржуазии, выступавших с критикой внешнеполитического курса Мак-Кинли. По инициативе Мабини был создан революционный заграничный комитет, представители которого были направлены во все крупные европейские страны и США.
В осенние месяцы 1898 г. в результате наступательных операций филиппинских повстанческих сил почти вся территория Лусона и Висайских островов была очищена от испанских войск. Последний оплот испанцев — г. Илоило, где разместилась резиденция последнего испанского генерал-губернатора Риоса, был сдан ими 25 декабря 1898 г. После того как в июле 1898 г. на Филиппины прибыли первые транспорты американских войск, разместившиеся в окрестностях Манилы и в провинции Кавите, столица освобожденных территорий была перенесена из Кавите в г. Бакаор, а в конце августа — в Малолос, административный центр провинции Булакан. Таким образом, филиппинское революционное правительство контролировало все основные районы Лусона и Висайев, за исключением Манилы, где был установлен американский военно-оккупационный режим.
15 сентября 1898 г. в Малолосе открылся Революционный конгресс, созванный на основании декрета от 23 июня 1898 г. Большинство делегатов были назначены главой правительства Агинальдо в основном из числа руководителей местных органов власти и верхушки военных, часть делегатов были выборными (примерно 1/5 общего состава). В составе делегатов конгресса преобладали представители образованных помещичьих и буржуазных кругов (председателем был избран Педро Патерно, один из консервативных буржуазных лидеров), однако значительна была и группа делегатов, представлявших мелкобуржуазную интеллигенцию и вышедших из мелкобуржуазной и народной среды командиров революционной армии. В ходе работы конгресса был разработан и принят важнейший исторический документ — новая конституция (Малолосская), законодательно оформившая создание независимой Филиппинской республики. Дискуссии при обсуждении основных вопросов, стоявших на повестке дня заседаний конгресса, отражали те противоречия, которые существовали не только между двумя основными течениями в революционном лагере, но и внутри каждого из них.