Самый краткий третий раздел Малолосской конституции, озаглавленный «Религия», содержит только одну статью (5), в которой записано, что «государство объявляет равноправие всех вероисповеданий и отделение церкви от государства». В лаконичной формулировке была выражена суть программы буржуазных националистов по вопросам религии и церкви, которая была выработана еще в период движения за реформы. Однако именно эта формулировка стала предметом продолжительных и ожесточенных дискуссий. Часть делегатов конгресса (представителей различных течений — от умеренного либерала Кальдероне до радикала Мабини) выступила против отделения церкви от государства. Их позиция основывалась на конкретной ситуации, сложившейся на Филиппинах в годы революции в результате развивавшейся в течение всего XIX в. борьбы филиппинского духовенства. Подавляющее большинство местных священников выступало с поддержкой антиколониальной революции. Многие священники-филиппинцы непосредственно участвовали в вооруженной борьбе (особенно на втором этапе революции) в качестве военных капелланов и одновременно солдат и командиров революционной армии, оказывали большую помощь республиканскому правительству в мобилизации и сплочении патриотических сил для завершения задачи национального освобождения. К тому времени, когда открылись заседания конгресса в Малолосе, испанское духовенство оказалось в полной изоляции от верующих филиппинцев[32]
. Стала складываться национальная католическая иерархия, во главе которой стал филиппинский священник Грегорио Аглипай (1860–1940), выдвинувшийся в качестве революционного лидера и одного из руководителей духовенства в начале 1898 г.[33]. В октябре 1898 г. Агинальдо по инициативе Мабини назначил Аглипая генеральным викарием Филиппинской республики, т. е, поставил его во главе всего филиппинского духовенства.Учитывая популярность филиппинских священников среди населения и растущий авторитет национальной иерархии, Мабини и его сторонники опасались, что включение в конституцию статьи об отделении церкви от государства лишит правительство республики поддержки со стороны многочисленной и политически активной группы местного духовенства и, следовательно, приведет к падению авторитета революционного руководства среди верующих филиппинцев. Немаловажное значение имела позиция самих представителей местного духовенства, участвовавших в работе конгресса, которые решительно выступали против отделения церкви от государства, в поддержку выдвинутой в 1898 г. Мабини идеи создания национальной католической церкви, подчиняющейся непосредственно Ватикану. В результате бурных дебатов большинством в один голос статья 5 об отделении церкви от государства была включена в конституцию. Вслед за тем была принята дополнительная (сотая) статья, приостанавливавшая действие ст. 5 впредь до созыва Учредительного собрания.
Дискуссию вызвал также вопрос о церковной собственности. В период работы конгресса большинство орденских поместий уже были захвачены крестьянами-арендаторами. Однако конгресс под давлением буржуазно-помещичьих делегатов, опасавшихся вообще подрыва права собственности помещиков на землю, не решился законодательно подтвердить ликвидацию орденского землевладения. Лишь в январе 1899 г. в условиях внешней угрозы (со стороны США), когда возросла необходимость укрепления общенародного фронта революции, и в целях смягчения аграрных движений в конституцию была внесена дополнительная статья, согласно которой все виды собственности, принадлежавшие религиозным корпорациям, объявлялись собственностью правительства.