С точки зрения хода и характера военных действий национально-освободительная война 1899–1901 гг. подразделяется на два этапа: с февраля по ноябрь 1899 г., когда шли бои регулярной филиппинской армии против американских войск; с ноября 1899 г. по июль 1901 г., когда развернулась партизанская война, возглавленная революционными военачальниками. В первые месяцы войны (весной 1899 г.) филиппинские войска не только выдерживали натиск американцев, но и наносили им серьезный уран. По сведениям европейских и русских дипломатов, внимательно следивших за ходом событий на Филиппинах, за полтора месяца военных действий (до середины марта 1899 г.) число убитых и раненых американцев было почти равно потерям, понесенным США в течение всей войны с Испанией. Учитывая превосходство американских войск в вооружении и технике, филиппинское командование старалось избегать крупных сражений, придерживаясь тактики маневренной войны, которая приводила к разобщению сил американцев.
В марте 1899 г. американскому командованию удалось собрать значительные силы у столицы республики — Малолоса и взять город. Однако захват Малолоса, которому американцы придавали большое военно-политическое значение, не оказал существенного влияния на общий ход военных действий. В итоге полугодовой военной кампании (к августу 1899 г.) американцы удерживали прочный контроль над Манилой и ее окрестностями. На остальной территории Лусона шли бои с филиппинской регулярной армией. В районе Висайских островов американцы заняли города Илоило и Себу и установили военно-оккупационный режим на территории о-ва Негрос благодаря поддержке со стороны местных крупных помещиков — владельцев сахарных плантаций, напуганных нарастанием антифеодальной крестьянской борьбы. На юге архипелага в мае 1899 т. американские войска оккупировали Холо — столицу султаната Суду.
Американское командование испытывало недостаток в людских ресурсах. В начале войны под командованием Отиса находилось 20–25 тыс. солдат, включая волонтеров. Уже в марте 1899 г. конгресс США утвердил законопроект об увеличении контингента американской регулярной армии на Филиппинах до 65 тыс. и присылке на острова 35 тыс. волонтеров. В августе 1899 г. был выработан план генерального наступления на Лусоне (осенью, после окончания сезона дождей). В окрестностях Манилы к октябрю 1899 г. было сконцентрировано более 50 тыс. американских солдат, оснащенных современным оружием. Таким образом, американское командование подготовилось к широким наступательным операциям.
Очевидная сложность военного подчинения Филиппин заставляла американское правительство наряду с усилением военного нажима использовать также тактику, рассчитанную на возможность соглашения с верхушкой филиппинского общества на основе уступок местным буржуазно-помещичьим слоям[34]
. С апреля 1899 г. в Маниле начала работать первая Филиппинская комиссия, возглавленная американским историком проф. Джекобом Шерманом. Предложения, выработанные комиссией, содержали ряд обещаний (создание «просвещенной системы управления», демократические свободы, гарантии личных прав, собственности, поощрение экономического развития и т. п.), направленных на привлечение местных умеренных националистических элементов. Эта политика имела успех среди части филиппинской интеллигенции, буржуазии, помещиков, участвовавших в национально-освободительной борьбе[35]. Уже в первые месяцы военных действий в революционном руководстве (и в революционных силах в целом) обозначились два основных течения. Одно — радикальное, возглавленное Мабини и генералом Антонио Луна, выступавшими за продолжение бескомпромиссной освободительной борьбы за полную независимость. Другое — умеренное во главе с Педро Патерно, представители которого обнаруживали склонность к поискам различных вариантов «почетного соглашения» с американскими империалистами. Группировка Патерно решительно поддержала переговоры с комиссией Шермана.