Таким образом, с началом второго этапа войны филиппинское национально-освободительное движение пошло на спад под ударами американских империалистов. Однако народные массы еще сохраняли революционный энтузиазм. Народ поддерживал партизан, борьба с американскими колонизаторами развертывалась повсеместно на архипелаге, включая уже оккупированные территории. В 1900 и в начале 1901 г. партизанские отряды действовали активно на большей части Лусона и Висайских островов. Подавляя сопротивление филиппинцев, американское командование использовало жестокие карательные методы в отношении как партизан и остатков республиканской армии, так и населения, не принимавшего участия в вооруженной борьбе. Несомненно, что огромное военно-техническое преимущество регулярных войск США, действовавших против плохо вооруженных разрозненных сил филиппинцев, изнуренных к тому же войной против испанских колонизаторов, сыграло решающую роль в разгроме национально-освободительного движения. К маю 1900 г., когда военным губернатором Филиппин был назначен Мак-Артур (сменивший Отиса), американская регулярная армия, пополненная свежими подкреплениями, доходила до 70 тыс. Соотношение потерь американцев и филиппинцев с конца 1899 г. (начала генерального наступления на Лусоне) и в 1900 г. равнялось 1:16. Тем не менее процесс «замирения» архипелага был далек от той оптимистической картины, которую рисовали правительство и официальная американская пресса. Упорное сопротивление широких демократических масс заставляло американцев проводить политику уступок верхушке филиппинского общества.
Проведение подобной политики облегчалось расколом внутри революционных сил, отходом от вооруженной борьбы большинства буржуазно-помещичьих элементов. Центром, где сосредоточились коллаборационистские силы, стала Манила[36]
. Откровенно капитулянтскую позицию занимала группировка Пардо де Таверы — Легарды. Уже в первой половине 1900 г. представители этой группировки стали получать официальные посты в манильском муниципальном управлении, судах первой инстанции и т. п. Педро Патерно возглавлял группу так называемых «автономистов», пытавшихся договориться с США о статусе автономии для Филиппин. Большинство филиппинской интеллигенции, буржуазных и помещичьих лидеров, отказавшись от вооруженного сопротивления, еще надеялись с помощью мирных методов добиться «почетного» соглашения с американцами. На их позицию влияла и продолжавшаяся народная борьба, и ожидание итогов президентских выборов в США — надежда на возможную победу кандидата Демократической партии. Привлечение этих либеральных кругов (значительно более широких, нежели узкая прослойка коллаборационистов, стоявших вне революционного движения) входило в одну из основных задач новой Филиппинской комиссии во главе с У. Тафтом. Она начала работать в Маниле в июне 1900 г. с целью подготовить организацию гражданского управления на Филиппинах. С 1 сентября 1900 г. комиссия официально наделялась функциями высшей законодательной власти при сохранении верховной исполнительной власти в руках военного губернатора. «Примирительная» политика, проводившаяся членами комиссии, ее деятельность по созданию системы муниципального управления с привлечением довольно большого числа филиппинцев, закон об амнистии участникам вооруженной борьбы (от 21 июня 1900 г.) — все эти акции способствовали росту проамериканских настроений. Однако до ноября 1900 г., когда стали известны результаты президентских выборов в США, закончившиеся переизбранием Мак-Кинли, филиппинские либеральные буржуазно-помещичьи круги занимали выжидательную позицию. Выжидательную позицию занимал и Агинальдо, скрывавшийся от преследования американцев в глухих районах Северного Лусона. Он отказался сложить оружие после объявления амнистии, а накануне выборов в США установил связь с Мабини, уполномочив последнего вести переговоры с Тафтом (они окончились безрезультатно из-за решительного отказа Мабини сотрудничать в какой бы то ни было форме с американскими властями).С победой Мак-Кинли и Республиканской партии филиппинский вопрос был решен окончательно в пользу аннексии. С конца 1900 г. американские власти ускорили процесс организации системы гражданского управления. На основе закона о системе гражданской службы, вступившего в силу с января 1901 г., филиппинцы допускались на равных основаниях с американцами к занятию всех чиновничьих должностей, за исключением губернаторского поста.
Американские власти пошли на разрешение деятельности проамериканской Федеральной партии, созданной в декабре 1900 г. Пардо де Таверой и Легардой. Ее программа выдвигала в качестве конечной цели превращение Филиппин в штат США. «Федералисты» не только служили главной политической опорой американцев, но и оказывали непосредственную помощь войскам в процессе «замирения» филиппинского населения.