Ум, который является одновременно и Красотой, порождает Душу, соответствующую Мировой душе из диалога «Тимей». Она бестелесна и неделима и является связующим звеном между сверхчувственным и чувственным миром, а потому глядит не только вверх, на Ум, но и вниз, на мир природы. Платон говорил об одной Мировой душе, а Плотин – о двух, высшей и низшей; первая находится рядом с Умом и не имеет непосредственного контакта с материальным миром, вторая – это реальная душа мира явлений. Эту вторую душу Плотин назвал природой. Более того, хотя мир явлений обязан существованием своей причастности к идеям, которые находятся в Уме, сами эти идеи в чувственном мире не действуют и не имеют с ним непосредственной связи, поэтому Плотин поместил в Мировую душу отражения этих Идей, назвав их сперматическими логосами, входящими в состав логоса, использовав доктрину стоиков. Для того чтобы согласовать эту концепцию с учением о двух Мировых душах, он выделил первый логос, входящий в состав высшей души, и производный от него логос, входящий в состав низшей души.
Души отдельных людей произошли от Мировой души и, подобно ей, делятся на два элемента (в соответствии с пифагорейско-платоновой идеей о трехсоставном строении души Плотин утверждал, что существует еще и третий, промежуточный элемент). Высшая часть души принадлежит области Ума (Нуса) (ср. с Нусом Аристотеля), а низшая непосредственно связана с телом. Душа существовала еще до соединения с телом – это соединение Плотин называл падением души – и сохраняется после смерти тела, хотя и забывает о своем земном существовании. (Плотин также верил и в переселение душ.) Но хотя Плотин и говорил о том, что индивидуальные души связаны друг с другом в Мировой душе, он не был готов отрицать личное бессмертие – душа реальна, а то, что реально, не уничтожается. Можем ли мы предположить, что Сократ, существовавший на этой земле как Сократ, перестанет быть им только потому, что достиг лучшего из всех жилищ? После жизни каждая отдельная душа продолжает свое существование, хотя они все и связаны в единую душу.
Ниже сферы души располагается материальный мир. В соответствии со своей концепцией о том, что эманация сходна со световым излучением, Плотин писал, что свет исходит из центра и распространяется к окраинам, постепенно затухая, пока наконец не исчезает в полной темноте, которой является материя – сама по себе, рассматриваемая как лишение света. Материя, таким образом, порождается Единым (в конечном счете) в том смысле, что она становится фактором творения только благодаря процессу эманации Единого. Сама же по себе материя, в низшем ее проявлении, образует самую первую ступень в иерархии Вселенной и является антитезисом Единому. Пока она освещается формой и участвует в процессе образования материальных объектов, ее нельзя назвать полной тьмой, но в тех случаях, когда она противопоставляется умопостигаемому и представляет собой небытие «Тимея», – это тьма, полностью лишенная света. Таким образом, Плотин соединил идеи Аристотеля и Платона, ибо, хотя он и считал, вслед за Платоном, материю небытием или антитезисом умопостигаемому или как нечто, лишенное света, он также принял и Аристотелеву концепцию материи как субстрата для формы, как интегрального компонента материальных объектов. Превращение одного элемента в другой показывает, что существует какой-то субстрат, общий для всех тел, который отличается от этих тел самих по себе. Если при изучении тел мы полностью абстрагируемся от их формы, то в остатке получим то, что мы называем материей. Таким образом, материя частично освещена формами и не существует отдельно в единичном как полная темнота, как принцип не-бытия. Более того, подобно тому как мир явлений в целом имеет свои образцы в интеллигибельном мире, так и материя в природе соответствует умопостигаемой материи.