В придачу к синтезу платонических и Аристотелевых космологических идей Плотин разделял взгляды орфиков и неопифагорейцев на материю как на источник зла. На низшем уровне, лишенная качества или лишенная света, материя является злом, как таковым (однако зло является присущим ей свойством не в большей степени, чем добро является свойством, присущим Благу), и потому противостоит Благу как антитезис. (Впрочем, зло, содержащееся в материи, конечно же не свойственно умопостигаемой материи.) Здесь Плотин опасно приблизился к дуализму, который противоречил бы всей его системе, хотя не следует забывать, что материя сама по себе – это лишение и потому не является позитивным принципом. В любом случае, мы можем предположить, что Плотин логически дошел бы до пренебрежения видимым миром, но он этого не сделал. Это верно, что в его психологической и этической теориях проявилась тенденция недооценивать значимость видимого мира, но это лишь ответвление, что же касается его космологии, то он был уверен в единстве и гармонии Космоса. Плотин не признавал презрения к миру, характерного для гностиков, наоборот, он восхвалял его как творение Демиурга и Мировой души – это вечное единое творение, все части которого гармонично связаны между собой, управляемое Божественным Провидением. Плотин утверждал, что мы не должны считать Вселенную порождением зла, несмотря на все неприятные вещи, которые в ней присутствуют. Это отражение умопостигаемого мира, но мы не можем требовать, чтобы Вселенная была его точной копией. Какой космос, спрашивает Плотин, может быть лучше того, который мы знаем, за исключением умопостигаемого? Материальный мир представляет собой экстериоризацию умопостигаемого, и чувственное и умопостигаемое неразрывно связаны между собой, поскольку первое воспроизводит последнее в меру своих возможностей. Универсальная гармония и космическое единство образуют рациональную основу для пророчеств и для магического воздействия сверхчеловеческих сил. (Помимо небесных богов Плотин признавал существование других богов и демонов, которых человек не видит.)