Учеником Аммония был также
Иоанн Филопон — фигура чрезвычайно интересная и важная, во-первых, потому, что он был христианином, причем, вероятно, был крещен еще в самом нежном возрасте; во-вторых, потому, что в его развитии мы наблюдаем два периода. Первый представлен комментариями к Аристотелю в духе Аммония: для этого периода свойственно традиционное для позднего платонизма представление о структуре универсума,
в целом ряде моментов объединяющее Платона и Аристотеля (вышебытийное единое, ум-демиург, являющийся и производящей, и целевой причиной, трансцендентные умы, рациональные души, сфера небесная, сфера подлунная, четыре элемента, материя). Второй период, начинающийся с 529 года (т.е. времени появления эдикта Юстиниана о закрытии философских школ, что и послужило поводом для декларации новых взглядов), характеризуется упрощенной схемой универсума (личный бог-ум есть высший уровень иерархии, творение мира — результат свободного божественного изволения, мир не является больше божественным) и противопоставлением Платона и Аристотеля. Новая установка Иоанна Филопона прежде всего проявляется в сочинении «О вечности мира», которое было написано в 529 году, в переделке уже составленных комментариев — к «Физике» прежде всего, в сочинении «Против Аристотеля». Впоследствии, вероятно под влиянием монофизитов, почитавших Аристотеля, Иоанн Филопон смягчается в своем его неприятии, о чем можно судить по сочинению «О творении мира» («Семь книг толкований на творение мира по Моисею»).Но это уже не имело никакого отношения к развитию Александрийской школы и потому не входит в задачу данного изложения, тогда как критическое отношение Иоанна Филопона к Аристотелю задевало интересы платоновской школы и потому вызвало резкую критику другого ученика Аммония (учившегося также у Дамаския и вместе с ним покинувшего Афины после 529 г.) —
Симпликий остается непоколебим в своей приверженности к язычеству, что поддерживалось исключительной и искусственной атмосферой кружка неоплатоников в Харране близ Эдессы — последнего оплота просвещенного язычества. О том, насколько хорошо была оснащена эта маленькая философская школа всеми необходимыми текстами — источниками языческой премудрости, можно судить по тому же Симпликию, в частности, по его комментарию к «Физике» — одному из важнейших источников наших сведений о ранней греческой мысли.