Когда возобновилась война против Англии, Наполеон повел себя с папой римским, независимым государем так, как обращался со своими префектами. Сначала он потребовал, чтобы папа изгнал из своих владений живших там англичан, а затем приказал ему закрыть порты для всех видов английских товаров (ноябрь 1806 г.). Чтобы обосновать свое повелительное обращение с папой, Наполеон ссылался на то, что Карл Великий, «его августейший предшественник», преподнес папам в дар имущество престола святого Петра и был верховным повелителем Рима. «Ваше святейшество – папа римский, но я – император», – писал он папе. Пий VII продолжал сохранять нейтралитет и подчеркивал это. Тогда Наполеон сначала (в 1807 г.) захватил Папское государство, а потом (в мае 1809 г.) попросту присоединил его к своей империи.
Папа отлучил его от церкви, после чего сам немедленно был арестован и отправлен в город Савону, где с ним обращались как с преступником: его лишили письменных принадлежностей и у его двери день и ночь стоял на карауле офицер полиции.
Эти события имели отклик во Франции. Папа, находясь в заточении, отказывался давать духовное посвящение епископам, которых назначал Наполеон, и в результате двадцать семь епархий остались без епископа. Император попытался заставить епископов занять их посты до папского посвящения. Но, невзирая на его угрозы и несмотря на то, что несколько епископов были отправлены в Венсенскую тюрьму, все они, даже самые верные и послушные Наполеону, заявили, что верны в первую очередь папе. Наполеон приложил огромные усилия, чтобы разрушить эту верность. В 1812 г. он перевез в Фонтенбло Пия VII, здоровье которого тогда было очень слабым. С помощью обмана император заставил папу подписать (в 1813 г.) новый конкордат, который сводил к нулю власть папы и делал папу, теперь формально проживавшего во Франции, всего лишь кем-то вроде заместителя императора по духовной части.
Но Пий VII, хотя и был уже стар, физически окреп настолько, что смог отречься от подписи, которую его принудили поставить во время болезни. Прошло немного времени, и военные поражения заставили Наполеона освободить папу (в 1814 г.); вскоре после этого Пий VII снова завладел Римом. В 1815 г. папа великодушно предоставил убежище членам семьи Бонапарт, вынужденным бежать из Франции, а немного позже добивался от государей-союзников смягчения приговора, по которому Наполеон был сослан на остров Святой Елены. Такая христианская «месть» была достойна наследника святого Петра. Эта религиозная борьба имела политические последствия. Духовенство и католики хорошо относились к «Наполеону – восстановителю веры», но быстро стали врагами «Наполеона – преследователя папы». Страх, который Корсиканец внушал им до самого конца своего царствования, не позволял этой вражде проявляться в публичных действиях. Но духовенство уже было согласно на возвращение Бурбонов, и в 1814–1815 гг. реставрация королевской власти нашла среди служителей церкви самых преданных сторонников.
Имперский режим плохо закончил свое существование: недовольство им широко распространялось среди большинства французского народа. Примерно в начале 1809 г., всего через пять лет после основания империи, практически все слои французского общества стали охладевать к тому самому Наполеону, который был так популярен, когда был консулом. Это всеобщее охлаждение продолжалось вплоть до свержения императора в 1814 г. Уничтожение всех политических свобод, сложная система полицейской слежки, деспотизм, претендовавший на то, чтобы управлять даже мыслями людей, – все это вызывало глубокое недовольство у образованных буржуа. Континентальная блокада в значительной степени парализовала торговлю; она способствовала развитию промышленности, но также порождала аморальную спекуляцию. Результатом этого стал сильнейший экономический кризис 1811 г., когда обанкротилось много предприятий и недовольство властями охватило все слои буржуазии, в первую очередь промышленников, судовладельцев и купцов.