С этого времени начинается первая оппозиция против господства императора и против континентальной системы. Реакция сразу обнаружилась в трех до сих пор бывших вполне императору преданных странах и повела к образованию пятой коалиции. Римский двор был недоволен; Испания была оскорблена в своей национальной гордости возведением на престол короля иностранного происхождения, а в своих привычках — уничтожением монастырей, инквизиции и звания фандов; Голландия, со своей стороны, много потеряла в торговле вследствие континентальной блокады, а Австрия с нетерпением ждала конца своего униженного второстепенного положения и слишком сильно чувствовала свои потери. Папа находился в холодных отношениях с Францией уже с 1805 г.; он надеялся, что, в уплату за его услужливость при помазании Наполеона на царство, этот последний вернет Церковной области те земли, что Директория присоединила к Цизальпинской Республике. Будучи обманут в своих ожиданиях, он вступил в ряды европейской оппозиции и в 1807 и 1808 гг. Церковная область стала местом сборища английских эмиссаров. После довольно резко выраженных и невыполненных требований император приказал генералу Миоллису занять Рим; папа ответил угрозой отлучения от церкви; Наполеон тогда отнял у него Анкону, Урбино, Масерату и Камерино и включил их в состав Итальянского королевства. Папский легат оставил Париж 3 апреля 1808 г.; это было началом религиозной борьбы за светские интересы с главой церкви, которого или не следовало приглашать во Францию, или не надо было ограблять в Италии. Война на Пиренейском полуострове была еще серьезнее. Испанцы на провинциальной хунте, собравшейся в Севилье 27 мая 1808 г., признали королем Фердинанда VII и взялись за оружие во всех не занятых французскими войсками провинциях. 16 июня в Опорто поднялись также и португальцы. Вначале оба эти восстания имели самый счастливый ход и в короткое время оказали быстрые успехи. Генерал Дюпон был принужден положить оружие при Байлене, в провинции Кордова, и этот первый неуспех французских войск возбудил энтузиазм и надежды испанцев. Жозефу Наполеону пришлось покинуть Мадрид, где был провозглашен Фердинанд VII; одновременно и генералу Жюно, не имевшему достаточно войск, чтобы удержаться в Португалии, пришлось искать соглашения и по договору, заключенному в Синтре, удалиться со всеми военными почестями. Португалия была тотчас же занята двадцатипятитысячным отрядом англичан под начальством генерала Веллингтона. Одновременно с тем, что папа объявил себя против Наполеона, одновременно с занятием части континента англичанами и входом испанцев в Мадрид, и шведский король показал себя неприязненно настроенным против императорской европейской лиги, а Австрия стала делать значительные вооружения и приготовляться к новой борьбе.
К счастью для Наполеона, Россия осталась верна союзу с Францией и принятым в Тильзите обязательствам. Император Александр находился в эту эпоху в периоде энтузиазма и расположения по отношению к этому могущественному и удивительнейшему из смертных. Наполеон, ввиду необходимости сосредоточить все свои силы на Пиренейском полуострове, пожелал предварительно убедиться в верности ему севера и добился свидания с Александром в Эрфурте 27 сентября 1808 г. Два повелителя, один севера, другой запада, гарантировали друг другу покой и повиновение Европы: Наполеон двинулся в Испанию, а Александр взял на себя Швецию. Личное присутствие императора быстро переменило счастье войны в Испании; он привел с собой 80 000 старых, испытанных солдат, вызванных из Германии. Ряд побед подчинил его власти большую часть испанских провинций. Он вошел в Мадрид и явился жителям полуострова не как победитель, а как освободитель. „Я уничтожил, — сказал он им, — тот инквизиционной трибунал, против которого протестовало и само время, и вся Европа. Священники должны управлять совестью, но не должны обладать никакой внешней юридической властью над гражданами.