В 1940 году Карл Франк, государственный секретарь, работавший под началом у Нейрата, выступая с речью перед руководителями Движения за национальное единство, заявил, что, если влиятельные чешские политические деятели откажутся подписать декларацию о лояльности по отношению к рейху, 2 тысячи заложников будут расстреляны.
Однако меры, принятые Нейратом, Гитлер счел недостаточно действенными и поэтому решил назначить к нему энергичного вице-протектора. Гейдрих сразу увидел, какую выгоду можно извлечь из такого поста. При поддержке Бормана он быстро оказался в рядах кандидатов на должность. Гиммлеру этот маневр не очень понравился, так как Гейдрих становился для него все более опасным соперником, а новое назначение усиливало его влияние. Однако он не смог этому воспрепятствовать.
Вильгельм Хётл утверждал, что Гейдриху удалось добиться от Гитлера обещания назначить его на пост министра внутренних дел, тот самый пост, которого домогался и в скором времени получил Гиммлер. Этот факт, однако, не подтверждается официальным документом. Но очевидно, что Гейдрих надеялся получить все возможные выгоды, которые предоставляло новое назначение.
23 сентября 1941 года Гитлер вызвал Нейрата в Берлин. В очень жестких выражениях он упрекнул его в недостатке твердости и сообщил о назначении Гейдриха его заместителем с самыми широкими полномочиями. Нейрат не согласился с таким решением и подал в отставку. Гитлер, по своей привычке, ее не принял, но уже 27 сентября Нейрат был отправлен в отпуск. И пребывал в этом отпуске до 25 августа 1943 года, когда был заменен Фриком.
29 сентября Гейдрих переехал и обосновался в Праге. Всего лишь вице-протектор по должности, он фактически сосредоточил в своих руках всю полноту власти. Непосредственно с Берлином он был связан ежедневными авиапочтовыми отправлениями и особой секретной телетайпной линией, кроме телефонных линий и радиосвязи через особую сеть Главного имперского управления безопасности. Два специальных самолета были постоянно готовы к вылету, предоставляя ему возможность при срочной необходимости за два часа оказаться в Берлине.
На новое место работы Гейдрих привез и своих людей. Он отказался использовать персонал Нейрата и подобрал из управления безопасности пользующуюся его доверием команду, включавшую даже стенографисток-машинисток. Он даже хотел взять с собой Шелленберга, но тот, не очень веря в счастливую звезду своего шефа, осторожно отклонил сделанное ему предложение.
Обосновавшись в Праге, Гейдрих тут же усилил репрессии, приказав производить массовые экзекуции при малейших проявлениях сопротивления.
14 октября 1941 года руководитель частей СС в Богемии и Моравии писал в своем докладе на имя Гиммлера: «Все батальоны войск СС будут поочередно перебрасываться в протекторат Богемии и Моравии, чтобы производить здесь расстрелы и контролировать казни через повешение. К настоящему моменту насчитывается: в Праге — 99 расстрелянных и 21 повешенный; в Брно — 54 расстрелянных и 17 повешенных, то есть всего 191 казненный, из которых 16 — евреи».
В следующем месяце политика репрессий еще более ужесточилась. 17 ноября студенты Праги организовали антифашистскую демонстрацию. В тот же день четыре сотни ее участников были арестованы. Два дня спустя 9 студентов — руководителей различных молодежных ассоциаций были казнены без суда и следствия, а 1200 студентов были отправлены в лагерь Заксенхаузен.
9 марта 1942 года Гейдрих добился для гестапо права прибегать к «превентивному заключению» на территории протектората.
В то же время он умножил призывы к германско-чешскому сотрудничеству, проводя политику, почти аналогичную той, которая проводилась во Франции, чередуя обещания с жестокими наказаниями, причем этот подход он образно назвал «политикой кнута и сахара».
Для «сахарных» методов Гейдрих привез с собой из Берлина «технического советника», обязанного искать демагогические средства, способные приобщить чешских трудящихся к прелестям нацизма и заставить их работать для германской военной экономики. Человек этот носил чужое имя, но очень многие могли бы узнать в нем Торглера, депутата-коммуниста, который сыграл жалкую роль на процессе «поджигателей» рейхстага. Несколько лет назад Гейдрих извлек его из концлагеря и использовал для своих грязных дел.
Но чехи отказывались от немецкого «сахара», и кнуту приходилось играть все более важную роль.
При взгляде из Берлина усилия Гейдриха и полученные им результаты производили сильное впечатление, и престиж его заметно рос. История с «кнутом и сахаром» рассматривалась как шедевр активной дипломатии и образец, который следовало освоить в подходе к «недисциплинированным народам», об уничтожении которых уже не могло быть речи. Ведь их производственный потенциал и рабочие руки стали слишком ценным фактором, поскольку борьба на Востоке становилась все более ожесточенной.