Расследование зашло в тупик, возможно, потому, что никто не хотел доводить его до конца. Тем не менее покушение послужило поводом для выявления и разгрома сети организаций Сопротивления. В Берлине, например, в ответ на эту акцию были казнены 152 еврея.
Гаулейтер Ширах, губернатор рейха в Вене, охваченный чувством солидарности с коллегой в Праге, написал Борману, предлагая разбомбить в качестве возмездия какой-нибудь из английских городов, имеющий культурное значение, поскольку бомба была английского производства.
Во время гигантской операции, направленной против участников движения Сопротивления и всего населения Чехии, 657 человек были расстреляны на месте. Две деревни, Лидице и Лезаки, заподозрили в том, что в них скрывались участники покушения.
Утром 9 июня подразделения из дивизии СС «Принц Евгений», возглавляемые гауптштурмфюрером СС Максом Ростоком, обложили селение Лидице в 30 километрах от Праги. Население села было согнано в одно место, потом мужчин и юношей старше шестнадцати лет загнали в сараи и хлева, а женщин и детей заперли в школе. Наутро мужчин группами по 10 человек отводили в сад и расстреливали у стены амбара фермы, принадлежавшей мэру Лидице Гораку. К четырем часам 172 мужчины были расстреляны; 19 мужчин из Лидице, работавших в соседних шахтах Кладно и на заготовке дров, были арестованы, отвезены в Прагу и там казнены. 7 женщин последовали по тому же пути. 195 женщин были высланы в лагерь Равенсбрюк. Новорожденные и совсем маленькие дети были отняты у матерей и уничтожены. Другие дети, а их набралось 90 человек, были отправлены в польский концлагерь Гнейзенау. В 1947 году 17 из них, оказавшиеся в немецких семьях, были найдены. Само селение было стерто с лица земли. Дома были сожжены и срыты бульдозерами.
11 июня немецкая газета «Нойе таг» напечатала следующее сообщение: «В ходе розыска убийцы обергруппенфюрера СС выявлено, что население деревни Лидице, близ Кладно, помогало совершившим это преступление и сотрудничало с ними. Факт этот был доказан, хотя жители деревни и отрицают его. Отношение населения к этому преступлению проявляется и в других враждебных рейху акциях. Найдены подпольная литература, склады оружия и боеприпасов, а также радиопередатчик и незаконное хранилище нормируемых продуктов питания. Все мужчины деревни были расстреляны, женщины высланы в концентрационные лагеря, а дети направлены в соответствующие учреждения для перевоспитания. Здания деревни сровняли с землей, а ее название вычеркнуто из истории».
Эта «акция» была проведена по приказу государственного секретаря Карла Германа Франка, получившего после этого прозвище Мясник Лидице. Он использовал предоставленное ему Гитлером право казнить любого человека без суда и следствия.
После смерти Гейдриха казни стали еще более жестокими. Число арестов продолжало расти. Расстрелы проводились теперь в тюрьмах. В тюрьме Панкрац в Праге были убиты 1700 чехов, а в колледже Коумиц в Брно, превращенном в тюрьму, казнили 1300 человек.
До самого конца войны нацисты свирепо расправлялись с чехами, не в силах сломить их сопротивление. Подсчитано, что только через тюрьму в Брно прошли 200 тысяч человек, из них вышли на свободу 50 тысяч, остальные были либо убиты на месте, либо отправлены на уничтожение в концентрационные лагеря.
Всего было заключено в концлагеря 305 тысяч чехов, а вышли из них живыми только 75 тысяч, в их числе 23 тысячи узников, доведенных голодом и побоями до такого состояния, что у них почти не было шансов выжить. До 1943 года сообщения о казнях широко публиковались, затем сведения о них стали почти секретными. Тем не менее расстрелы продолжались, унося примерно по 100 человек в месяц. Когда нацисты вынуждены были оставить Чехословакию, число жертв их репрессий достигло 360 тысяч человек.
Гейдрих умер, и РСХА осталось без хозяина. На торжественных похоронах в Берлине Гиммлер произнес несколько двусмысленных фраз, и те, кто мечтал унаследовать усопшему, услышали замаскированную, но вполне реальную угрозу. Гиммлер решил временно взять на себя руководство РСХА. Наконец он снова мог подчинить себе огромный механизм, который чуть не ускользнул из его рук, и выбрать такого преемника Гейдриха, чтобы на сей раз не увидеть его среди соперников.
В течение нескольких месяцев посмертная маска Гейдриха лежала на видном месте в кабинете Гиммлера. Никто не мог сказать, было это выражением благоговейной памяти об усопшем или напоминанием об окончательной победе над ним. Большинство руководителей Главного имперского управления безопасности склонялись ко второй версии. В один прекрасный день слепок исчез без всяких объяснений.