Въ 1548 г. генваря 6 постригся въ монастырѣ духовникъ царя Ивана Грознаго, протопопъ Благовѣщенскаго собора, Ѳедоръ Барминь. Онъ передъ тѣмъ разнемогся и пришло на него великое страхованіе оттого, что почувствовалъ свою вину, какъ былъ онъ главнымъ строителемъ народнаго мятежа противъ близкихъ къ государю князей Глинскихъ. Послѣ страшнаго пожара 1547 г., испепелившаго почти всю Москву, онъ первый началъ говорить и пустилъ въ народъ молву, что пожаръ случился по той причинѣ, что княгиня Анна Глинская съ своими дѣтьми и съ людьми волхвовала, вынимала сердца человѣческія да клала въ воду, да тою водою, ѣздячи по Москвѣ, кропила, и отъ того вся Москва и погорѣла. Съ протопопомъ это утверждали и многіе изъ бояръ.
Когда по государеву указу назначенъ былъ розыскъ по этому дѣлу, то собравшаяся въ Успенскомъ соборѣ толпа народа такъ разсвирѣпѣла, что, не выходя изъ собора, тамъ же въ Божьемъ храмѣ у митрополичьяго мѣста совершила убійство бывшаго налицо князя Юрія Глинскаго.
Въ 1566 г. въ Москвѣ оставилъ митрополію святитель Аѳонасій по случаю великой немощи и сошелъ въ Чудовъ монастырь на свое постриженіе.
Въ Чудовомъ монастырѣ проживалъ временно и Гришка Отрепьевъ, а послѣ него туда же посадили подъ началъ и постриженнаго несчастнаго царя Василія Ивановича Шуйскаго въ 1610 г., откуда потомъ взялъ его Гетманъ Жолкѣвскій, снявши съ него иноческое платье, чтобы представить королю не плѣннаго инока, а плѣннаго Русскаго царя.
Со времени царя Ивана Грознаго въ царскомъ быту вошло въ обычай крестить новорожденныхъ дѣтей у мощей святителя Алексѣя, въ его монастырѣ. По завоеваніи Казанскаго царства въ 1553 г. былъ крещенъ въ Чудовѣ малолѣтній плѣнный Казанскій царь Утемишъ Гирей Савакирѣевъ, нареченный во св. крещеніи Александръ, котораго царь поселилъ у себя во дворцѣ и повелѣлъ учить его грамотѣ, да навыкнетъ страху Божію и закону христіанскому.
Потомъ государь крестилъ у Михаилова Чуда своихъ дѣтей: въ 1554 г. царевича Ивана, въ 1556 г. царевну Евдокію, въ 1557 г. царевича Ѳедора, въ 1559 г. племянника своего, сына князя Юрья Васильевича, кн. Василія Юрьевича.
Царь Ѳедоръ Ивановичъ здѣсь же крестилъ свою новорожденную дочь Ѳеодосію, вскорѣ умершую.
Слѣдуя царскому обычаю, и царь Михаилъ постоянно крестилъ всѣхъ своихъ дѣтей у мощей св. Алексѣя, начиная съ царевича Алексѣя Мих., который былъ крещенъ въ трапезѣ.
Царь Алексѣй Михайловичъ, слѣдуя за отцомъ, крестилъ своего первенца сына Димитрія въ 1648 г. въ Чудовѣ, но другихъ дѣтей въ Успенскомъ соборѣ и потомъ Великаго Петра и его сестру царевну Наталію снова въ Чудовѣ.
Монастырское кладбище открывало мѣста для погребенія не только жившимъ въ монастырѣ на покоѣ или въ заключеніи и подъ началомъ духовнымъ властямъ и монастырскимъ старцамъ, но и многимь лицамъ изъ боярскихъ чиновъ, въ особенности сосѣдамъ монастыря по мѣстожительству, каковы были старые боярскіе роды Морозовыхъ, князей Оболенскихъ, Трубецкихъ, а впослѣдствіи Хованскихъ, Куракиныхъ, Щербатовыхъ, Стрѣшневыхъ, погребеніе которыхъ происходило уже въ ХVІІІ ст., даже въ 1768 г., когда въ декабрѣ былъ погребенъ князь Сергѣй Мих. Хованскій, вѣроятно одинъ изъ послѣднихъ покойниковъ на кладбищѣ монастыря [93]
. На его надгробномъ камнѣ была слѣдующая надпись:Всякъ прочтетъ сію таблицу, внемли, Коль кратка есть жизнь наша на земли. Для того ставятся на гробахъ примѣты, Дабы память была въ вѣчныя лѣты…
Но такія вѣчныя лѣты прекращались обыкновенно двумя-тремя поколѣніями. Могилы дѣдовъ уже исчезали, какъ исчезли и всѣ старыя могилы въ Чудовомъ монастырѣ. Изъ лѣтописныхъ показаній мы упоминали о многихъ лицахъ, здѣсь погребенныхъ. Упомянемъ еще, что изъ свѣтскихъ лицъ здѣсь былъ погребенъ въ 1565 г. Казанскій царь Едигеръ въ крещеніи Симеонъ Касаевичъ, взятый при покореніи Казанскаго царства. Онъ положенъ у церкви Благовѣщенія на полуденной сторонѣ. Слѣдовательно церковь Благовѣщенія находилась съ южной стороны отъ церкви св. Алексѣя.
Въ XVII ст. здѣсь были погребены: въ 1630 г. бояринъ Вас. Петр. Морозовъ.
1634 г. схимница Анисья Полева.
1657 г. мальчикъ Тарасій, котораго изломалъ старецъ въ Осиповѣ монастырѣ.
1667 г. знаменитый бояринъ Борисъ Иван. Морозовъ и его жена, сестра царицы Марьи Ильичны Милославскихъ, Анна Ильична.
1670 г. бояринъ Ив. Ив. Салтыковъ.
1677 г. окольн. Вас. Никиф. Собакинъ; князя Ивана Григорьевича Куракина жена Ѳеодосія Алексѣевна (дочь Алексѣя Никит. Одоевскаго).
1678 г. стольникъ Назарій Засѣцкій.
1682 г. бояринъ Вас. Семен. Волынскій, князь Ив. Григор. Куракинъ, стольникъ Левъ Ив. Салтыковъ.
1683 г. жена бояр. Вас. Сем. Волынскаго Ксенія Яковлевна, стольникъ Мих. Петр. Пушкинъ.
1684 г. бояринъ кн. Ѳедоръ Ѳед. Куракинъ, жена князя боярина Ив. Григор. Куракина, Марья Петровна, Петръ Мих. Пушкинъ.
1686 г. августа погребенъ Сибирскій царевичъ Романъ, погребалъ патріархъ.
1687 г. окольн. кн. Матв. Венед. Оболенскій.
1692 г. окольн. Семенъ Ив. Колтовской.
1693 г. вдова кн. Ульяна, жена кн. Алексѣя Никитича Одоевскаго.