Того же году послѣ этого распоряженія кн. Яковъ Никитичъ по указу государя ѣздилъ въ свою вотчину Звенигородскую въ село Вырюпино для сыску; и по сыску боярина и по докладу государю указано ѣхать стольнику Андрею Елизарову въ Вырюпино и казнить двухъ человѣкъ портныхъ мастеровъ, — одному голову отсѣкли, другому языкъ вырѣзали и сосланъ въ Сибирь на вѣчное житье совсѣмъ съ женою и съ дѣтьми и со всѣми животы въ службу.
Къ тому же Ростовскому и Ярославскому дѣлу былъ привлеченъ и сокольникъ Изотъ Полозовъ, а также и сестры Арины, жена стряпчаго Алексѣя Луговскаго и жена стольника Ивана Борисова-Пушкина, которые содержались подъ стрѣлецкимъ карауломъ не указано къ нимъ пущать на дворъ и съ двора никого до государева указу. Для очной ставки съ этими людьми была привезена въ Москву и сама Арина и съ сыномъ и также отдана за крѣпкіе караулы, не велѣно къ ней пущать на дворъ и съ двора никого, и съ нею говорить и съ сыномъ ея не давать.
Дѣло іюня 7 закончилось тѣмъ, что виновныя-Арина Мусина-Пушкина и ея двѣ сестры-сосланы вь дальнія ихъ деревни, Арина въ свою Ростовскую Угорючи, а помѣстья и вотчины ихъ отписаны на государя. Сынъ Арины Иванъ пропалъ безъ вѣсти. Однако при царѣ Ѳедорѣ Алекс. онъ появляется въ 1679 г. въ числѣ стольниковъ, а въ 1683 г. въ числѣ окольничихъ. Въ 1698 г. сент. 9 пожалованъ въ бояре за Астраханскую его многую службу и за всякое въ своихь государевыхъ дѣлахъ радѣніе съ милостивою грамотою изъ Разряда. Съ этого времени онъ становится любимымъ сотрудникомъ Преобразователя Петра, который при учрежденіи Сената избираетъ его первымъ въ члены этого важнѣйшаго учрежденія, а потомъ въ 1710 г. жалуетъ ему графскій титулъ. Главнѣйшія его заслуги были по управленію Монастырскимъ приказомъ и имѣніями духовенства, въ точной исполнимости намѣреній и цѣлей Преобразователя, по смерти котораго онъ потерпѣлъ крушеніе и умеръ въ 1729 г. въ ссылкѣ, в
При царѣ Ѳед. Ал. кн. Яковъ вѣдаетъ нерѣдко государевъ дворъ и Москву въ отсутствіе царя и въ 1681 г. управляетъ приказомъ Казанскаго Дворца.
По смерти царя Ѳедора Ал. онъ первенствуетъ въ средѣ боярства и въ 1689 г. по смерти своего отца управляетъ Аптекарскимь приказомъ.
Во время борьбы царевны Софьи съ домомъ Нарышкиныхъ со стороною царя Петра, кн. Яковъ, повидимому, держалъ себя очень осторожно и явно не примыкалъ ни къ какой сторонѣ, занимая по мѣстническимъ порядкамъ первое мѣсто среди бояръ. Въ послѣдній день Софьина правительства, 29 августа 1689 г., когда она собралась было идти въ Троицкій монастырь къ убѣжавшему туда царю Петру, кн. Яковъ сопровождалъ ее первымъ по мѣсту, а 2-мъ былъ ея любимецъ,
Черезъ недѣлю, 7 сентября, она была отрѣшена отъ управленія царствомъ, а 12 числа кн. Якову Никитичу повелѣно вѣдать Полату Расправныхъ дѣлъ, тогдашній Сенатъ, гдѣ онъ начальствовалъ и въ 1690-хъ годахъ.
Въ военныхъ дѣлахъ ему не приходилось участвовать. Онъ скончался въ 1697 г. Былъ женатъ на Аннѣ Михаиловнѣ, неизвѣстно какой фамиліи, которая оставалась владѣтельницею двора до 1701 г., когда для строенія Арсенала этотъ дворъ былъ разобранъ до материка.
Слѣдуя по Житницкой улицѣ дальше, возлѣ двора Дм. Ив. Годунова, принадлежавшаго потомъ Шереметеву и князю Одоевскому, находимъ дворъ Семена Никитича Годунова, примыкавшій къ Троицкимъ воротамъ.
Семенъ Никитичъ прославился, по выраженію Карамзина, какъ новый Малюта Скуратовъ, самыми гнуснѣйшими дѣлами, служа усердно коварнымъ цѣлямъ своего родственника, царя Бориса, который при своемъ воцареніи пожаловалъ ему въ 1598 г. санъ окольничаго, а въ 1603 г. санъ боярина, вѣроятно, за успѣшное устройство гибели Романовыхъ, какъ это случилось въ 1601 году.
Извѣстно, что по его умыслу слуга-казначей боярина Александра Никитича Романова, Бартеневъ, по прозванью Второй, подкинулъ въ свою же боярскую казну мѣшки съ отравными будто бы кореньями, заготовленные самимъ Семеномъ Никитичемъ. Послѣдовалъ доносъ и началось дѣло, погубившее Романовыхъ и многихъ ихъ родственниковъ. Разсказывали также, что Семенъ по замыслу Бориса очень поспособствовалъ также преждевременной кончинѣ герцога Датскаго Іоанна Ягана. королевича, пріѣхавшаго въ 1602 г. въ Москву въ качествѣ жениха царевны Ксеніи и возбудившаго будто бы зависть Бориса, такъ какъ въ Москвѣ всѣ очень его полюбили, почему Борисъ и опасался, чтобы послѣ него не выбрали королевича въ цари. Семенъ, завѣдывавшій Врачебнымъ приказомъ, не допустилъ будто бы вылѣчить королевича, заболѣвшаго горячкою.
Какъ бы ни было, но одного дѣла о гибели Романовыхъ было достаточно для того, чтобы Семена возненавидѣли всѣ, кому бывала обида отъ Годуновыхъ. Во время прихода Самозванца, когда весь родъ Годуновыхъ потерпѣлъ крушеніе, Семена сослали въ Переяславль и тамъ его удушили.