Почти въ то же время какъ разбиралось зданіе Приказовъ, были разобраны и старыя строенія, находившіяся съ лѣвой стороны отъ Никольскихъ воротъ, полаты князей Трубецкихь и возлѣ Чудова монастыря Конюшенный его дворъ, церковь Козмы и Демьяна съ предѣломъ Филиппа митрополита и дворы духовенства. На этомъ мѣстѣ было заложено въ 1771 г. новое зданіе для Присутственныхъ мѣстъ, существующее и донынѣ. Оно строилось по проектамъ архитектора Матв. Ѳед. Козакова, довольно медленно, такъ что было окончено только въ 1785 г.
Такимъ образомъ, старыя постройки Кремля постепенно исчезали или для новыхъ зданій, или для площадей.
Съ самаго начала прошлаго XIX ст., съ 1801 г., Кремлемъ сталъ завѣдывать главный начальникъ Дворцоваго вѣдомства
Оба сіи зданія угрожаютъ скорымъ и неминуемымъ своимъ паденіемъ», почему онъ и испрашивалъ Высочайшаго повелѣнія сломать ихъ какъ можно скорѣе.
Государь, однако, затруднился дать такое повелѣніе, предложивъ Валуеву снестись по этому дѣлу съ генералъ-губернаторомъ Москвы Салтыковымъ, дабы узнать, «не произведетъ ли уничтоженіе сихъ древнихъ зданій какого-либо предосудительнаго замѣчанія», конечно, въ Московскомъ обществѣ. Осенью въ тотъ годъ (1801) эти зданія были разобраны и на мѣстѣ ихъ выровнена площадь. Это было только начало очистки Кремля отъ старыхъ строеній. Въ 1803 г. сломаны дворцовыя зданія, выдвигавшіяся къ Троицкимъ воротамъ и къ Троицкому подворью. Въ 1806 г. проданъ съ аукціона Цареборисовскій Годуновскій дворецъ, а въ 1807 г. сломано и Троицкое подворье съ церковью Богоявленія; въ 1808 г. сломаны всѣ другія зданія задняго Государева двора, на мѣстѣ которыхъ построены такъ называемые «Кавалерскіе корпуса». Въ 1810 г. на мѣстѣ Цареборисовскаго дворца и отчасти на мѣстѣ Троицкаго подворья построена Оружейная Полата (нынѣ казармы) (Альбомъ видовъ, No XXI).
Такъ исправно очищался старый Кремль. Исчезало многое ветхое, но вмѣстѣ съ тѣмъ исчезало иное и не ветхое, только потому, что оно уже не отвѣчало вкусамъ новаго времени и представлялось только памятникомъ грубой и неуклюжей деревенской старины.
А въ 1812 г. даже и великій предводитель Двадцати языковъ, водворившійся было для житья въ Кремлѣ, Наполеонъ, по злобѣ за свою неудачу, старался уже совсѣмъ опустошить Кремль, разрушая его завѣтные памятники подкопами и взрывами.
У него было намѣреніе выжечь Москву со всѣмъ, что въ ней оставалось отъ пожара, и съ окрестностями; предполагалось «составить четыре колонны, каждую изъ двухъ тысячъ человѣкъ и велѣть имъ жечь все на двадцать миль около Москвы. Наполеонъ отвергь сію мѣру», какъ писали Французскія газеты. Отвергъ несомнѣнно потому, что уже некогда было этимъ заняться, надо было спѣшить, чтобы по добру, по здорову выбраться изъ засады. Онъ все-таки устроилъ разрушенiе Кремля, поручивъ это дѣломаршалу Мортье. Съ инженернымъ искусствомъ прокопаны были мины подъ многія зданія, подкачены боченки пороха.
«Кремль приказано подорвать», писали Французскія газеты. «Дюкъ де Тревизъ (упомянутый маршалъ Мортье) взорвалъ оный въ два часа ночи на одиннадцатое число (октября)».
«Арсеналъ, казармы, магазейны, все было истреблено. Сія древняя крѣпость, современная основанію Россійской державы, сіи первые чертоги Русскихъ царей-они были-ихъ нѣтъ!»
Такъ бы, можетъ быть, и случилось, если бы не помѣшалъ тому проливной дождь, шедшій въ то время всю ночь и такимъ образомъ угасившій въ разныхъ мѣстахъ тлѣвшіе проводники-фитили у башенъ, у Ивана Великаго, у Спасскихъ воротъ и въ другихъ мѣстахъ.
Сначала, въ 11 часовъ ночи, загорѣлся дворецъ, потомъ Грановитая Полата, а затѣмъ, въ исходѣ второго часа ночи, послѣдовали взрывы.