Въ ХVІІ ст. подъ Аѳанасьевскою церковью находился казенный монастырскій
Изъ случайныхъ событій, происходившихъ на Кирилловскомъ подворьѣ, извѣстно одно, когда въ 1563 г. на немъ была пострижена въ инокини вдова Старицкаго князя Андрея Ивановича, Евфросинія Андреевна.
Княгиня съ ея сыномъ Владиміромъ Андреевичемъ по какимъ-то замысламъ очень были подозрительны для Грознаго царя. Возвращаясь въ Москву побѣдителемъ въ Литовской войнѣ, взявши Полоцкъ, царь въ половинѣ марта заѣзжалъ къ княгинѣ въ Старицу и пировалъ у ней, но тутъ же, вѣроятно, и порѣшилъ убрать ее съ дороги своего ненасытнаго властительства. Спустя три мѣсяца въ іюнѣ онъ уже положилъ гнѣвъ свой на княгиню и на ея сына, потому что на нихъ донесъ ихъ же дьякъ, что они чинятъ многія неправды къ самодержцу. Начались розыски и ихъ неправды были доказаны, какъ и слѣдовало ожидать. Царь передъ митрополитомъ и передъ священнымъ соборомъ духовенства обличилъ ихъ, но для духовнаго же собора простилъ ихъ. Княгинѣ ничего не оставалось, какъ просить о постриженіи, на что и послѣдовало заранѣе уже обдуманное и опредѣленное согласіе царя. Ее постригли на Кирилловскомъ подворьѣ, такъ какъ духовникомъ ея былъ Кирилловскій игуменъ Вассіанъ, который и постригалъ ее. Она отправилась на житье въ Бѣлозерскій Воскресенскiй Горицкій дѣвичій монастырь. Царь устроилъ ей княжескій обиходъ по ея желанію. У ея сына все осталось попрежнему относительно вотчинъ, но всѣ ближніе его люди были удалены отъ него и взамѣнъ ихъ приставлены другіе по назначенію царя, такъ что онъ оставался съ этого времени въ самомъ крѣпкомъ надзорѣ и все-таки впослѣдствіи окончилъ свои дни очень несчастливо.
Далекій Кирилло-Бѣлозерскій монастырь въ лицѣ своего игумена Трифона въ 1447 году во время Шемякиной смуты сослужилъ великую службу на укрѣпленіе Московскаго единодержавія, когда со всею братіею монастыря онъ благословилъ вел. князя Василія Темнаго идти на свою вотчину въ Москву и быть по-прежнему государемъ: «а тотъ грѣхъ (что вел. князь цѣловалъ Шемякѣ крестъ не искать государства) на мнѣ«, говорилъ игуменъ, «и на головахъ моей братіи, мы за тебя, государя, Бога молимъ и благословляемъ».
Благословеніе въ дѣйствительности произвело рѣшительный поворотъ смутныхъ дѣлъ въ пользу вел. князя, и потому потомки Темнаго свято чтили эту заслугу далекаго и славнаго съ тѣхъ поръ монастыря.
Въ царскомъ быту въ XVII ст., а такъ несомнѣнно было и въ ХVІ ст., установился обычай на богомольныхъ выходахъ, особенно на Святой недѣлѣ, посѣщать монастыри и христосоваться съ монастырскою братіею. Въ эти дни цари обыкновенно ходили въ монастыри Чудовъ, Вознесенскій и на подворья Троицкое и Кирилловское, въ Аѳанасьовскій монастырь. Подворья въ этихъ случаяхъ служили какъ бы живыми представителями своихъ знаменитыхъ святочтимыхъ монастырей. Эти выходы мало-по-малу стали прекращаться со времени преобразователя Петра, который едва ли не въ послѣдній разъ совершилъ такой выходъ въ 1692 г., когда въ субботу на Святой по упомянутымъ монастырямъ и подворьямъ ходилъ царь Иванъ Алексѣев., а на другой день, въ воскресенье, и самъ царь Петръ Алексѣевичъ.
Въ этотъ день въ Успенскомъ соборѣ происходило поставленіе въ Сибирь въ Тобольскъ въ митрополиты Новоспасскаго архимандрита Игнатія. У дѣйства присутствовали оба государя въ государскихъ порфирахъ и діадимахъ и въ Мономаховыхъ шапкахъ, а бояре, окольничіе и думные и ближніе люди были въ золотныхъ кафтанахъ. Послѣ поставленія изъ собора царь Иванъ удалился переходами въ свои хоромы, а царь Петръ шествовалъ въ Вознесенскій монастырь, на Кирилловское подворье, въ Чудовъ монастырь и на Троицкое подворье, а потомъ къ себѣ въ хоромы. Не упомянуто, ходилъ ли онъ во всемъ описанномъ царскомъ нарядѣ или перемѣнилъ одежду.
Кромѣ такихъ обычныхъ установленныхъ выходовъ, бывали выходы и по особымъ богомольнымъ случаямъ, при чемъ монастырскіе старцы всегда получали царскій кормъ. Объ этомъ разсказываетъ одно письмо Аѳанасьевскихъ старцевъ къ боярину Вас. Ив. Стрѣшневу въ 1634 году.