Агилульф осадил Рим, не встретив никакого деятельного отпора со стороны города. «С малочисленным народом и без помощи войска», как говорит сам Григорий, Рим не мог оказать действительного сопротивления и возлагал надежды на Бога и апостола Петра. Поднявшись на зубцы ветхих стен Аврелиана и Велизария, папа мог собственными глазами видеть, как римляне, подобно собакам, взятым на свору, шли за лангобардами, чтобы быть затем проданными в Галлии в рабство, и натиск врага на ворота должен был порой переполнять папу ужасом, так как единственные императорские сановники в Риме, префект Григорий и magister militum Касторий, были сомнительными защитниками города. И не их заботливости и также не стойкости граждан, а кошельку церкви был обязан Рим удалением врага. В одном позднейшем письме к императрице Констанции Григорий иронически называет себя казначеем лангобардов, так как под их мечом римлянам сохраняется жизнь лишь постольку, поскольку за эту жизнь церковь каждый день платит.
Освобождение Рима не вызвало в императоре чувства признательности к папе; напротив, экзарх старался даже набросить в Византии тень подозрения на епископа, считая его лично для себя опасным и будучи также, по-видимому, недоволен тем, что епископ вел с неприятелем самостоятельные переговоры. Маврикий написал Григорию резкое письмо, в котором упрекает его, что Рим во время осады не был достаточно снабжен хлебом, и затем прямо называет Григория глупцом за то, что он позволил Ариульфу обмануть себя обещанием прийти лично в Рим для заключения мира. На это письмо Григорий отвечал со всею сдержанностью, с которой он как подданный должен был отнестись к императору, но в то же время и с полным достоинством и с большой дипломатической тонкостью. Он перечисляет все опасности и бедствия, которым подвергался Рим, благодаря поведению экзарха, и затем, выражая готовность принять сделанный ему выговор, как знак внимания к нему, старается оберечь императорских чиновников от немилости и восхваляет их деятельную бдительность при защите Рима.
2. Светское управление в Риме. — Императорские чиновники. — Полное молчание о римском сенате
Упомянув о префекте и о magister militum, мы должны уделить немного внимания светскому управлению Рима в ту эпоху и таким образом коснуться одной из самых темных сторон истории города. Мы уже говорили, что в это время не упоминается ни о каком герцоге (dux) Рима и нигде нет речи о римском герцогстве. В некоторых городах вместо того имеются comites и tribuni, а в Риме и его области мы находим magister militum как главного военачальника, облеченного всей властью герцога. Однако и этот чиновник лишь временно появляется в Риме, как, например Касторий, на которого была возложена защита Рима против Агилульфа. В руках этого начальствующего лица были сосредоточены военные и соответственные судебные дела, а жалованье войскам, называвшееся roga, praecarium или donativum, высылалось из Равенны или Константинополя и затем, если только вообще доходило до Рима, выплачивалось через erogatora.
Гораздо чаще упоминает Григорий о префектах, причем, однако, только в одном месте к этому имени сделано вполне ясное добавление: urbis. О префектах вообще, без дальнейшего обозначения, папа говорит довольно часто; поэтому было бы ошибочно думать, что в этих случаях всегда идет речь о префектах Рима. Существовал еще префект Италии, так же как префекты Африки и Иллирии, т. е. префекты тех трех диоцез которые были некогда подчинены преторианскому префекту Италии.
В своих письмах Григорий называет их; положение префекта, который всегда был различаем от экзарха, для нас все-таки яснее, чем положение проконсула Италии. Префект непосредственно ведал всеми гражданскими делами — все то, что касалось финансов, судебных дел и управления городов. Мнение папы в вопросе о замещении этой должности, как в Италии, так и в Риме, имело некоторое значение. Так в 602 г. бывший префект Квертин просил Григория ходатайствовать у императора о том, чтоб был назначен префектом Бонит, причем, конечно, речь шла о должности префекта Италии. Папа ответил, что должность эта очень беспокойная и затем что для человека, преданного наукам, будет неподходящим делом заниматься счетоводством, которое ничего не дает; противодействовать такому назначению он, папа, не будет, но все-таки не может не пожалеть Бонита, который, видя пример своих предшественников, сам может хорошо понять, сколько предстоит ему хлопот и возни. И действительно, в письмах Григория приводится несколько поразительных доказательств справедливости такого взгляда.