Оставляя свою должность, префект должен был давать отчет своему преемнику или другим уполномоченным, причем высокий сан префекта (Григорий дает префектам титул Magnificus, Gloriosus и Illustrissimus) не всегда спасал его от наказания, совершенно варварского. Экс-префект Либертин был вызван на верховный суд экс-консула Леонтия в Сицилии и затем позорно наказан розгами. По поводу этой экзекуции Григорий написал Леонтию письмо, полное благородного негодования; письмо это лучшее из всего собрания писем Григория и делает ему великую честь. Григорий рассуждает здесь как римлянин, которого еще возмущает мысль, что свободный человек может быть высечен. Между королями варваров и римскими императорами, так говорит Григорий, вспоминая о древних временах, та разница, что первые — государи рабов, а вторые — государи свободных людей. Во всех ваших действиях вы должны прежде всего помнить о справедливости, и затем более всего о свободе. Далее Григорий грозит Леонтию властью, которую ему, Григорию, Дает его сан римского епископа. «Если б я, — продолжает Григорий, — нашел обвиненных правыми, мне надлежало бы сообщить об этом сначала вам; когда же мой голос не был бы услышан, я должен был бы обратиться к императору». Из этого ясно видно, какую власть признавал за собою сам Григорий по отношению к высшим сановникам, действия которых подлежали его контролю.
Те чиновники, положению которых что-либо угрожало, искали покровительства у Григория. Начальствующие лица, оставлявшие должность, обыкновенно искали убежища в церквях и оставались там до тех пор, пока не получали от императорского нотариуса удостоверения, что жизнь их будет сохранена. Так поступил экс-префект Григорий, и мы имеем целый ряд писем папы, в которых он обращается к самым влиятельным лицам и горячо просит их защитить Григория от произвола судей. Такой лишенный достоинства, трусливый образ действий чиновников дает понятие о том, как глубоко была унижена византийскими деспотами даже высшая бюрократия. Во времена Грациана и Валентиниана префект города представлял высшую власть, был princeps senatus и по рангу стоял выше всех патрициев и консуларов. Со времени Августа юрисдикции префекта подлежал округ, простиравшийся на 100 миль; для пригородных же провинций префект был апелляционной инстанцией.
Его ведению в самом городе подлежали все общественные дела, аннона, рынки ценз, река, гавань, стены, водопроводы, зрелища и украшение города. С падением последнего эта должность постепенно теряла свое значение; но в VI веке она была еще настолько важна, что все гражданское управление города сосредоточивалось в руках префекта, тогда как представителем военной и политической власти был magister militum. Только таким образом может быть объяснен тот факт, что в деле защиты города и попечении о нем, кроме военного правителя, столь же важным лицом являлся и префект Григорий. В VII веке, когда военная власть получила полное преобладание, обширные полномочия городского префекта уже не существовали; по мере же того, как его юрисдикция все ограничивалась, он все более был подчиняем герцогу Рима, главному правителю. Уже после 6000 года, когда префектом был Иоанн, мы не встречаем упоминаний о префектах, и они отсутствуют до 774 г., когда снова появляется префект. Эта знаменитая городская должность была единственной, которая, хотя и в измененной форме, сохранилась с древних времен, а в позднейшие годы Средних веков даже приобрела немалое значение.