В течение почти полувекового правления Акбара (1556–1605 гг.) в Северной Индии укрепилась власть Моголов. Своей столицей Акбар сделал Агру на реке Джамне.
Первоначально государством фактически правил регент Акбара Байрам-хан. Он отнял Аджмир и крепость Гвалиур у раджпутов и упрочил за Моголами Пенджаб. Однако, будучи шиитом, он раздавал государственные посты своим единоверцам, чем восстановил против себя придворных-суннитов. В 1560 г. власть захватила другая дворцовая группа, Байрам-хан был отправлен в почетную ссылку в Мекку, но по пути, в Гуджарате, был убит.
Какое-то время государством управляла узбекская клика родственников кормилицы Акбара. Ими была присоединена к могольским владениям Мальва. Правитель Мальвы Баз Бахадур бежал из своей страны, позднее поступив на службу к Акбару. Его возлюбленная, танцовщица Рупмати, предпочла смерть плену и покончила с собой. Любовь Баз Бахадура и Рупмати стала темой ряда индийских баллад.
Вскоре, отстранив временщиков, Акбар стал править самостоятельно. К этому времени ему исполнилось 18 лет. Это был умный, сильный, смелый юноша, любивший охоту, обладавший феноменальной памятью, но, несмотря на все усилия своих воспитателей, не желавший ни читать, ни писать. Уже в раннем возрасте он понял, что править Индией можно, лишь опираясь как на мусульман, так и на индусов. Первым долгом он решил заручиться поддержкой воинственных раджпутов и заключил с ними союзы, скрепленные его браком с раджпутскими княжнами. В могольскую армию влилась раджпутская конница, возглавляемая Ман Сингхом, талантливым полководцем, приемным сыном правителя Амбера. Переход раджпутов на службу к мусульманскому (правителю вызвал протесты ортодоксальных раджпутских кругов, считавших, что пребыванием при дворе индусы оскверняют себя.
С помощью союзников-раджпутов Акбар покорил сопротивлявшиеся раджпутские княжества, присоединив Читор в 1568 г… Рантхамбхор в 1569 г. и подавляющую часть Раджпутаны. Лишь раджа Мевара Партаб Сингх ушел в горы с горсткой последователей и почти четверть века вел борьбу с Акбаром.
Полководец Акбара Асаф-хан овладел обширным княжеством Гондвана, которым правила рани (правительница) Дургавати. Княгиня мужественно сражалась и, потерпев поражение, заколола себя кинжалом. Завоевав богатое владение и ограбив казну прежних правителей, Асаф-хан счел себя достаточно сильным, чтобы стать независимым государем. Он примкнул к восстанию в Пенджабе, начавшемуся в 1563 г. и возглавленному другими сепаратистски настроенными военачальниками Акбара. Мятежники взяли Лахор, провозгласив правителем малолетнего брата Акбара, жившего в Кабуле. К восставшим присоединились также влиятельные военачальники-узбеки из Самбхалы, так называемые мирзы. Все они были противниками выдвижения при дворе Акбара раджпутских князей-индусов. К счастью для Амбара, восставшие не смогли установить связь между собой, и в 1567 г. этот мятеж феодалов был подавлен. «Мирзы» бежали в Гуджарат.
В Гуджарате после предательскою убийства в 1537 г. Бахадур-шаха португальцами боролись за власть различные феодальные клики, объединенные по признаку землячества, — тюрки, афганцы, абиссинцы и т. д. «Мирзы» тоже включились в борьбу, претендуя на власть. Против них в Гуджарат были посланы войска Акбара, и в 1572 г. Гуджаратское государство было завоевано Моголами. Однако, как только могольская армия вернулась в Агру, «мирзы» снова восстали, и Гуджарат пришлось Моголам отвоевывать вторично.
На покорение Бенгалии, мусульманский правитель которой (считавшийся вассалом Акбара) объявил себя независимым, ушло больше двух лет. На этом завоевания временно прекратились. На передний план выдвинулись вопросы внутреннего устройств огромной империи.
Главным, ведомством в Могольском государстве было финансовое, во главе которого стоял диван. Налоговыми чиновниками были в основном индусы. В армии главный интендант и казначей мир-и-бахши осуществлял контроль над выдачей джагиров, а на смотрах проверял воинов и снаряжение. Остальное решали отдельные военачальники, командуя своими отрядами. Ведомство по религиозным делам называлось садарат. Главный садр назначал судей по уголовным и гражданским искам мусульман и ведал раздачей суюргалов. В областях и округах действовали параллельно гражданская и военная власти, которые должны были контролировать друг друга и пресекать любые проявления сепаратизма. В некоторых крупных областях были также свои областные садры.
Население, вошедшее в состав Могольской империи принадлежало к многочисленным племенам и народам, оговорило на разных языках, находилось на разных уровнях общественного развития и было разделено кастовыми перегородками и религиозными воззрениями. Однако большинство жило в узком мирке сельской общины. Крестьяне уплачивали ренту государству в виде налога с земли. Хотя правительство и было заинтересовано в бесперебойном поступлении этой ренты-налога, но в хозяйственную деятельность крестьян ни государство, ни феодалы не вмешивались.