Бабур правил Индией три года. Он был очень образованным, наблюдательным человеком, поэтом, тонко понимающим искусство. Оставшиеся после его смерти мемуары «Бабур-наме» написаны простым, четким языком. Индусов он рассматривал как «неверных», смотрел на них свысока, но не преследовал.
Перед смертью Бабур разделил свои владения между сыновьями, оставив Индию старшему — Хумаюну и приказав остальным, получившим Пенджаб, Кабул и Кандагар, ему подчиняться.
Хумаюн предпринял попытку расширить свои владения путем завоевания Гуджарата, части Раджпутаны и Бихара. Несмотря на первоначальный успех, Хумаюну не удалось закрепить победу ввиду внутренних распрей. Его братья, стремясь отделиться от него, попытались захватить Дели. Главным противником Хумаюна выступил глава афганских феодалов Бихара и Бенгалии Шер-хан Сур. В битвах с Шер-ханом в Бихаре Хумаюн был разбит и бежал в Синд. Там он женился на 14-летней дочери местного мусульманского военачальника, и в 1542 г. у него родился сын Акбар. Вскоре преследуемому братьями Хумаюну пришлось бежать еще дальше — в Иран, а Акбара взял на воспитание брат Хумаюна, Камран, правивший в Кабуле.
Хумаюн прекрасно знал персидскую литературу, был храбрым полководцем, но пристрастие к опиуму мешало остроте его суждений. В свое время в Дели Хумаюн пытался ввести некую систему в управление империей, однако принципы этой организации были надуманными, далекими от реальной жизни. Он разделил придворных на три группы — государственных деятелей, духовных феодалов и людей искусства — поэтов, танцоров и т. д., а также установил четыре государственных ведомства: ведомство огня, куда были переданы военные дела, ведомство воды, следившее за орошением и дворцовыми винными запасами, ведомство земли, ведавшее налогами, управлением земель халиса и строительством, и ведомство воздуха, которое занималось вопросами, связанными с деятельностью духовенства, поэтов и историографов, а также оплатой их труда. Такое административное деление, где смешивалось главное и второстепенное, не могло быть стабильным и было упразднено с воцарением Шер-шаха.
С 1540 по 1545 г. в Дели травил Шер-хан, принявший титул Шер-шаха. Своей первоочередной задачей он считал обуздание феодалов, особенно афганцев Бихара и Бенгалии, на которых, кстати, опирался при захвате власти. С этой целью он стал строго требовать от джагирдаров (владельцев джагиров) содержания обусловленного величиной джагира числа наемных всадников, которые составляли основную часть армии государства. Для контроля Шер-шах ввел обязательное клеймение коней тавром джагирдара и периодические смотры войск, чтобы прекратить практиковавшийся джагардарами наем случайных людей, распускаемых после смотра. Шер-шах стремился ввести твердую норму при сборе доли урожая, причитавшегося государству, и ограничить в интересах казны произвол сборщиков при определении величины крестьянских участков и тем самым размера урожая. Платя своим наемным воинам исключительно деньгами, Шер-шах пытался, где только возможно, перевести натуральный налог в денежный. Он жестоко подавлял сопротивление крестьян и всякие сепаратистские движения (например, выступление афганцев племени ниязи, живших в районе Агры).
Стремясь раздвинуть границы своего государства, Шер-шах, как и Хумаюн, пытался подчинить себе раджпутские княжества, пробиваясь к торговым районам западного побережья Индии. Однако при осаде одной из раджпутских крепостей — Каланджара — в 1545 г. Шер-шах погиб.
Правление Акбара
Среди афганских феодалов вновь разгорелась борьба за престол. Власть захватил младший сын Шер-шаха; он правил до 1554 г. После его смерти начались ожесточенные схватки между четырьмя претендентами на трон. Этим воспользовался Хумаюн, пришедший из Ирана с разноплеменной армией, состоявшей из тюрок, персов, афганцев, туркмен и узбеков. Он разбил войска претендентов и занял Дели в 1555 г. Однако он правил недолго: через несколько месяцев, упав с мраморной лестницы, разбился насмерть. Туркмен Байрам-хан, наставник 13-летнего престолонаследника Акбара, поспешил возвести его на трон, оставшись при нем регентом.
Владения Моголов в это время не простирались дальше двуречья Ганга — Джамны (связи с Пенджабом и афганскими землями на севере были прерваны). Основным противником Моголов был Хему, главнокомандующий армией одного из Суров. Несмотря на свое «низкое» происхождение (из торговцев-индусов), Хему (выдвинулся как талантливый полководец. Он овладел Дели и провозгласил себя правителем под именем раджи Викрамадитья. В решающем сражении с Моголами на Панипатском поле в 1556 г. Хему удалось смять фланги более многочисленной армии Акбара, но случайной стрелой он был ранен в глаз и упал со слона. Не видя больше своего полководца, его воины (как это обычно бывало с наемным войском в Индии при смерти военачальника, от которого зависела уплата жалованья) разбежались, и Акбар выиграл битву. Тут же, на поле боя, он, наставляемый Байрам-ханом, стал раздавать своим военачальникам земельные пожалования и почетные титулы.