Вместе с завоевателями в Индию стали переселяться их родственники и соплеменники, а ко дворам индийских султанов стекались мусульманские ученые и поэты из других стран. В результате появилось мусульманское население, и в некоторых местностях (например, в Бенгалии, где с исчезновением буддизма в ислам переходили значительные круги буддистов) мусульмане составляли большинство жителей. Однако в отличие от других стран ислама в Индии мусульманство оставалось одной из двух главных религий, но никогда не было единственной. К концу господства Делийского султаната на большей части территории Индии мусульмане представляли правящий класс. Мусульманами являлись большинство военачальников и воинов делийских армий, наместники и чиновники в городах. С другой стороны, сбор налогов оставался в руках индусов, они же составляли основную массу купцов и ростовщиков. Крестьяне тоже, как правило, исповедовали индуизм.
Несмотря на ожесточенные схватки между индусами и мусульманами, длительное совместное проживание в одной стране привело к взаимному проникновению идей и обычаев. Индийские мусульмане переняли кастовый строй, поклонение местным божествам, которое превратилось в почитание в действительности никогда не существовавших мусульманских святых, частично приняли практику йогов, стали участвовать в индусских праздниках, и сам индийский ислам получил пантеистическую окраску. С другой стороны, на индусов оказали влияние идеи мусульманского братства, практика суфийских орденов и их учение о наличии разных дорог к единению с богом. Уже в первой половине XIV в. мусульманские наставники возражали против слияния в умах народа Рамы (одна из аватар Вишну) и Рахима (милосердный — один из эпитетов аллаха). Недаром ислам распространился в Индии главным образом в форме суфизма — мистического учения, открывающего дорогу к включению в ислам разных, несвойственных ортодоксальному мусульманству течений.
Борьба между улемами — мусульманскими богословами, отстаивающими кораническую непримиримость ислама, и главами суфийских орденов, в большинстве своем полагающихся не на схоластическую ученость, а на откровения шейхов, достигших в ордене степени наставника, продолжалась в течение XIV и XV вв. Среди самих суфиев были ордена, которые или защищали идеи и практику, более близкие к индуизму (например, орден Чиштие и Фирдоуси), или резко возражали против проникших в индийский ислам «новшеств» (орден Шаттарие, Сухравердие и др.).
Споры, происходившие среди мусульманских теологов в остальных странах ислама, тоже находили отклик в Индии. Наиболее известными здесь суфийскими шейхами этого периода были: Низам-уд-дин-Аулия (умер в 1325 г.), отличавшийся веротерпимостью к индусам и требовавший от своих учеников следования высоким принципам морали; Ала-уд-доула Симнани (1261–1336 гг.), призывавший суфиев, наоборот, твердо придерживаться суннизма; Шараф-уд-дин Ахмад Манери, известный своими посланиями, которые были написаны в середине XIV в. и в которых он снисходительно относился к обычаям, проникшим в мусульманскую среду от индусского населения, и выступал против обмирщения шейхов, требуя от духовных наставников в первую очередь отказа от мирских благ; Фарид-уд-дин Гандж-и-Шакар (умер в 1265 г.), пользовавшийся большой популярностью и переведший на хинди мистические высказывания суфиев своего ордена, пляской и выкриками доводивших себя до экстаза. Фарид-уд-дин был широко известен своей мягкостью и гуманностью (он говаривал, что «игла лучше ножа: она сшивает, а нож разрезает»), но приписанные ему гимны, сохранившиеся в священной книге сикхов «Ади Грантх», были, по-видимому, сочинены значительно позже. Точно так же являются легендой биография и учение прибывшего в Индию из Сейстана Муин-уд-дина Чишти (1141–1236 гг.).