Наиболее широко было распространено поклонение богам Вишну и Шиве. С культом Шивы связано и почитание его супруги, известной в разных районах под именем Кали, Умы, Парвати и Шакти. Кали изображалась в виде свирепой богини, требовавшей кровавых жертв, а Ума и Парвати — в виде нежной матери. Ясно, что и в этом образе слилось много различных культов.
Наиболее жестоким был культ Шакти. Шакти воспринималась также как эманация могущества Шивы, и почитание Шакти было связано с тантризмом — течением в индуизме, обособившимся от других, со своими священными текстами — тантрами и со своей системой почитания божества, преимущественно женского. В тантризме господствовали элементы мистицизма, колдовства, заклинаний, а также обряды и поведение, запрещенные индуизмом (организация оргий, женитьба за пределами своей касты и т. п.). В какой-то мере тантризм иногда сравнивают с почитанием дьявола в христианских странах. Тантризм в тот период исповедовали большей частью члены низших каст и представители неарийских племен и групп.
Начиная с VI в. в Южной Индии распространились идеи бхакти (всеподавляющей любви к богу, перед которой теряют значение обрядность, аскетизм и брахманская ортодоксия). Басава, основатель секты лингаятов-шиваистов (поклоняющихся особо символу Шивы — линге, т. е. фаллосу), в XII в. сочетал идеи бхакти с тантризмом, отрицая такой принцип индуизма, как кастовый строй, настаивая не столько на соблюдении обрядности, сколько на необходимости любви к Шиве, но вместе с тем признавая достоинства аскетизма. В XII–XIII вв. лингаяты Басавы вели открытую борьбу с официальным индуизмом и джайнизмом.
С VII–IX вв. идеями бхакти проникаются и вишнуиты, а позднее бхакти стали проповедовать в Бенгалии. Поскольку бхакты (т. е. последователи бхакти) отвергали обрядность индуизма и исключительность брахманов, проповедь бхакти стала содержать нотки социального протеста.
С VI–X вв. на индийских побережьях, главным образом в портовых городах, массовой религией стал джайнизм. Наибольшей славой пользовался джайнский храм в Айхоле (Айяволе), построенный в VII в. В средние века возникло также много других храмов и огромных статуй Махавиры. Особенно большим влиянием пользовались джайны среди тамильского населения. Однако уже в VI–VIII вв. бхакты усиленно повели борьбу против джайнизма, и последний стал уступать свои позиции индуизму. К XV в. джайнизм сохранил некоторое влияние только в Гуджарате, хотя небольшие общины джайнов, главным образом купцов и ростовщиков, остались во многих индийских городах.
Несмотря на то что философская мысль Индии была тесно связана с религиозными представлениями, в средние века она уже стала обособляться в самостоятельную отрасль знаний.
В этот период окончательно оформились описанные выше шесть классических систем индийской философии: ньяя, вайшешика, санкхья, йога, миманса и веданта. Эти системы считались ортодоксальными, так как признавали авторитет Вед, и (каждая из них внесла свой вклад в познание мира и законов мышления, хотя и облекала свои рассуждения в религиозно-мистическую форму. Кроме официальных систем существовали также буддийские философские школы мадхьямиков и виджнянавады, отрицавшие реальность мира и знания, а также и самого бога как творца мира. «Если бог не имеет начала, то сам он не существует», — утверждали мадхьямики. Единственно реальным провозглашалось только чистое сознание как космическая сущность. С другой стороны, связанные с буддизмом чарваки проповедовали материалистическое учение, отрицали существование души, поскольку невозможно доказать ее существование отдельно от тела. На тех же основаниях чарваки отрицали и существование абсолютной души, или бога.
С конца VIII — начала IX в. все большую популярность приобретает система адвайта-веданта, созданная Гаудападой (родился около 780 г.) и Шанкарой (788–820 гг.). Эта система призывала возродить древнее учение Упанишад, признать единственной реальностью бога, а мир — только иллюзией, в которую верна лишь не умудренные знаниями. Целью «просветленных» людей является освобождение от иллюзий и сознание своего единства с Брахманом (богом). Шанкара был не только философом, но и религиозным реформатором, боровшимся за очищение индуизма от позднейших наслоений. Он построил четыре монастыря и провел реформу общины аскетов-саньяси.