Состав судилища дополнялся нотариусом, видным и весьма уважаемым должностным лицом Средних веков. Все судопроизводство инквизиции, все вопросы и ответы записывались; всякий свидетель и всякий обвиняемый были обязаны удостоверить правильность своих показаний, когда они прочитывались им в конце допроса, и приговор основывался исключительно на показаниях, добытых таким путем. Обязанность нотариуса была очень тяжелой, и иногда в помощь ему приглашались писцы; но он был обязан лично удостоверять все документы. Текущие дела судилища давали груду бумаг; их все надо было переписать для архивов; кроме того, различные инквизиции постоянно обменивались копиями своих дел, так что все это давало огромную работу. Инквизитор мог и здесь потребовать бесплатной помощи любого подходящего для этого лица; но было опасно доверять ведение всех этих бумаг людям, не получившим специальной подготовки. В первое время можно было потребовать услуг любого нотариуса, преимущественно кого-нибудь из доминиканцев, кто был раньше нотариусом; если не было под руками ни одного нотариуса, то вместо него можно было взять двух «скромных» людей. Подобная замена, к которой прибегали инквизиторы во время своих разъездов, часто вызывала затруднения. В городах, где происходили постоянные заседания инквизиции, нотариусом было определенное получавшее жалование должностное лицо. Климент V предписал, чтобы этот нотариус давал присягу перед епископом и перед инквизитором.
В 1235 г. признания раскаивающихся стали тщательно записывать в особые специальные книги. Инквизиторам было приказано сохранять все судопроизводство от первого вызова в суд до приговора вместе со списком тех, кто дал присягу защищать веру и преследовать ересь. Этот указ неоднократно повторялся; кроме того, было предписано, чтобы со всех документов снимались копии и чтобы одна из них помещалась в безопасном месте или передавалась епископу. Если должностному лицу нужно было собрать сведения о жителях какого-нибудь поселка, то он сразу мог узнать, кто из жителей был под подозрением и какое решение было принято относительно него из тщательно сохраняемых книг приговоров судов инквизиции. Таким путем с течением времени инквизиция собрала огромный запас справок, которые увеличивали ее могущество и внушаемый ею страх. Так как имущество потомков еретиков подлежало конфискации и так как их можно было всегда признать неполноправными, то тайны семейств, столь тщательно хранимые в архивах инквизиции, давали ей возможность, когда она это находила нужным, уничтожить тысячи невинных. Вдобавок она особенно ловко умела раскрывать предосудительные деяния предков тех, кто имел несчастье возбудить против себя ее недовольство или ее алчность.
Когда нужно было поразить врага, списки нередко подделывали. Народное недоверие увеличивалось еще благодаря тому обстоятельству, что всякое лицо, имевшее у себя документы, относящиеся к судопроизводству инквизиции или к преследованию еретиков, подлежало отлучению от Церкви. С другой стороны, те, спокойствию которых эти документы угрожали, стремились их уничтожить. В 1235 г. граждане Нарбонны уничтожили реестры и книги инквизиции. В 1254 г. указ собора в Альби о снятии копий с дел инквизиции и о помещении их в безопасное место был вызван попыткой еретиков Нарбонны в 1248 г. уничтожить архивы. Около 1285 г. в Каркассоне был раскрыт заговор нескольких высокопоставленных духовных лиц с целью уничтожения архивов инквизиции.
Даже самые скромные служители инквизиции – сторожа, рассыльные, шпионы- наводили ужас на население. Служба их не была безопасна и не привлекала к себе людей честных и мирных; но зато она сулила выгоды людям потерянным и бродягам. Они не только были неподсудны светским судам, как и все служители Церкви, но благодаря предоставленному Иннокентием IV в 1245 г. инквизиторам праву отпускать своим слугам все грехи, они были неподсудны даже и духовным судам. Всякое оскорбление, нанесенное служителям инквизиции, рассматривалось как действие, мешающее ее работе, и почти приравнивалось к ереси; если кто-нибудь осмеливался оказывать сопротивление при нападении этих людей, то виновный предавался суду того судилища, в котором служил нападавший. Поставленные таким образом в исключительное положение, они могли делать с беззащитным народом все, что угодно; они творили вымогательства, угрожая арестами и доносами. Этот общественный бич сделался еще более грозным, когда служителям инквизиции было разрешено носить оружие.