Остатки Иерусалимского королевства узнали ревность инквизитора раньше, чем пали окончательно. По словам Николая IV, первого папы из францисканцев, неудачи войны зародили там семена ереси и иудейства, и в 1290 г. он предоставил своему легату, патриарху Иерусалимскому, полное право назначить там инквизиторов в согласии с провинциалами нищенствующих. Это было исполнено, но несколько запоздало: взятие Акры (19 мая 1291 г.) положило конец недолгому существованию сирийской инквизиции. Она была, однако, восстановлена в 1375 г. Григорием XI, который уполномочил францисканского провинциала в Св. Земле ввести должность инквизитора Палестины, Сирии и Египта, чтобы бороться со стремлениями к вероотступничеству, которое проявляли христианские паломники, всегда многочисленные в этих странах.
С 1257 г. инквизиция распространила свою юрисдикцию на ростовщичество, считавшееся видом ереси. Лионский собор 1274 г. говорит, что ростовщичество должно караться епископскими судьями. Виеннский собор 1311г. предписал инквизиторам преследовать людей, утверждающих, что ростовщичество не грех.
Власть инквизиции над имевшими специальные привилегии нищенствующими орденами в разные эпохи была различна. Суд над ними был предоставлен ей в 1254 г. Иннокентием IV. Пий II предоставил суд над францисканцами их собственному генерал-министру. В 1479 г. Сикст IV запретил инквизиторам преследовать членов не своего нищенствующего ордена. Иннокентий VIII запретил всем инквизиторам судить францисканцев; но с развитием лютеранства эта мера показалась опасной, и в 1530 г. Климент VII сделал всех монахов подсудными инквизиции. Это было подтверждено в 1562 г. Пием V.
Вопрос о том, имел ли право епископ возбуждать против инквизитора дело по обвинению его в ереси, был спорным и, по всей вероятности, никогда не был разрешен на практике.
Епископская инквизиция получила признание Церкви. Парижский собор 1350 г. говорит о преследовании еретиков как о главной обязанности епископа; он дает инструкции епископским судьям, определяющие их права арестовывать подозреваемых и обращаться к светским властям с теми же требованиями, что и инквизиция. Когда епископ осмеливался восстать против вмешательства инквизитора, то он мог всегда заставить уважать свои права.
Несмотря на столкновения, на практике почти всегда епископ и инквизитор действовали совместно не только в вынесении решения, но и во всем деле; и в папских указах, дававшихся инквизиторам, обычно делалась оговорка, что они не должны ничем нарушать инквизиционной юрисдикции епископских судей. Тем не менее булла Николая V, обращенная к инквизитору Франции в 1451 г., по-видимому, ставила его деятельность в полную независимость от епископа. С технической точки зрения не было никакой разницы между инквизицией епископов и папы. Правосудная система делопроизводства, взятая епископскими судами из римского права, была оставлена; епископов уполномочивали и побуждали следовать инквизиционной системе.
Однако, как бы ни был энергичен епископский судья, его труды были обособлены, временны и несистематичны; папская же инквизиция, наоборот, покрыла всю континентальную Европу сетью судов, в которых заседали люди, не имевшие других занятий. Их деятельность была непрерывна и постоянна. Своими прекрасно составленными регистрами инквизиция образовала настоящую международную полицию. Руки инквизиции были длинны, память ее непогрешима. Если она хотела вести дело публично, то призывали всех верных и приказывала им схватить какого-нибудь ересиарха, обещая им за это вечное блаженство на том свете и соответственное вознаграждение на этом. Если предпочитали вести дело втайне, то для этого были шпионы и специальные низшие служащие. История всякой еретической семьи за время нескольких поколений могла быть всегда извлечена на свет из архивов разных судов инквизиции.
Одна поимка, сопровождавшаяся признанием, вырванным пыткой, могла раскрыть следы сотен людей, считавших себя до того времени в безопасности.
Приметы бежавших еретиков немедленно рассылались по всей Европе. Об арестах подозрительных людей трибуналы сообщали один другому, и несчастная жертва направлялась в ту страну и в тот город, где ее показания могли раскрыть других виновных. Папская инквизиция была всеведущей, всемогущей и вездесущей.