В почти безграничных пределах власти инквизиторы действовали бесконтрольно и безответственно; даже папский легат не должен был вмешиваться в их дела – разведывать о ереси в пределах их компетенции. Их нельзя было отлучить от Церкви за преступление по службе, и представитель Святого Престола не мог даже временно отстранить их от должности. Если же и случалось подобное, то отлучение или отстранение от должности не имели никакого значения, если это не было сделано без особого полномочия папы. В 1245 г. инквизиторы получили право прощать своих в чем-либо провинившихся слуг; с 1261 г. они могли взаимно оправдывать друг друга за все действия по инквизиции; а так как у каждого инквизитора был подчиненный, всегда готовый оказать ему эту услугу, то он благодаря этому был совершенно неуязвим. Инквизиторы освобождались от всякого повиновения провинциалам и генералам своих орденов; им даже было запрещено получать от них бумаги, касающиеся их служебной деятельности; им дано было исключительное право отправляться в Рим, когда им вздумается, и оставаться там сколько захотят, несмотря даже на запрещение провинциала или главных капитулов своих орденов. Первоначально их полномочия прекращались со смертью папы, от которого они их получили, но с 1267 г. эти полномочия были объявлены постоянными.
Вопрос о несменяемости инквизиторов находился в прямой связи с вопросом об их подчиненности или об их независимости и вызывал много противоречивых постановлений. В 1244 г. Иннокентий IV издал указ, что провинциалы и генералы нищенствующих орденов имели право смещать, увольнять и замещать всех членов их орденов, которые несли инквизиторские обязанности, даже и в тех случаях, когда они получили полномочия от папы. В 1256 г. папа Александр IV утвердил за провинциалами право смещения инквизиторов; в июле 1257 г. он отнял у них это право, а 9 декабря того же года снова признал его за ними буллой «К чему в отношении некоторых», которая много раз была подтверждена им и его преемниками. Последующие папы давали противоречивые указы, пока наконец Бонифаций VIII не высказался за право смещения; но инквизиторы добились того, что это право могло быть применяемо только посредством правильного судебного процесса, т. е. на практике оно сводилось к нулю. Правда, согласно реформам Климента V, отлучение от Церкви, снять которое мог только папа, налагалось на инквизиторов за три рода преступлений: 1) за незаконные преследования, вызванные дружбой, личной враждой или алчностью, и за небрежность в преследовании, исходящую из тех же мотивов; 2) за вымогательство денег; 3) за конфискацию церковных имуществ в виде наказания проступков духовного лица.
Францисканцы старались привести своих инквизиторов к повиновению, давая им полномочие на определенный срок. Доминиканцы не применяли этого способа. Все подобные меры были не в состоянии установить подчинение и дисциплину ввиду постоянного вмешательства Св. Престола. Инквизиторские полномочия давались папой, и их мог отобрать только папа. В 1439 г. Евгений IV, а в 1474 г. Сикст IV подтвердили постановления Климента IV, согласно которым инквизиторы могли быть перемещены генералами и провинциалами своих орденов. В 1479 г. Сикст IV распорядился, чтобы все жалобы, возбуждаемые инквизиторами, направлялись к генералу их ордена, за которым было признано право наказывать и перемещать их.