Вопрос об участии епископов в решениях долго вызывал споры. Иннокентий IV вновь принял решение в 1254 г. осуждения на смерть или на пожизненное тюремное заключение постановлять с согласия епископа. В 1255 г. он приказал епископу и инквизитору совместно обсудить все темные места законов против еретиков и установить также легкие наказания в виде лишения должностей и бенефиций. Это признание епископской юрисдикции было отменено в 1257 г. Александром IV, который сделал инквизиторов независимыми, освободив их от обязанности советоваться с епископами даже в тех случаях, когда дело шло о еретиках, упорствующих и уличенных в своем преступлении. Он повторил это решение в 1260 г. Однако в 1262 г. Урбан IV снова подтвердил необходимость совещания с епископами во всех случаях, когда приговор влек смертную казнь или пожизненное заключение; в том же духе высказался в 1265 г. Климент IV. В 1273 г. Григорий X предписал, чтобы инквизиторы, постановляя приговоры, советовались с епископами или их доверенными. Решение Григория относительно согласия епископа и инквизитора во всех случаях тяжелых осуждений впоследствии никогда не отменялось.
В 1288 г. Николай IV предписал все суммы, получаемые от штрафов и конфискаций, передавать людям, избранным с согласия епископа и инквизитора, и поставил, что они могут расходоваться только с разрешения епископа, которому должен представляться подробный отчет о расходах. Это было серьезным ограничением независимости инквизиторов; но Бенедикт XI в 1304 г. запретил епископам требовать отчеты; отныне инквизиторы должны были представлять их только в папскую канцелярию или особым уполномоченным папы.