Нищенствующие ордена были особенно пригодны для работы, которая была не под силу епископским судам. Необходимы были специальные и постоянные суды исключительно для подавления ереси, совершенно изъятые из-под влияния местных страстей и личных счетов. Следователями и судьями должны были стать люди, специально подготовленные для раскрытия и обращения еретиков, бесповоротно отрекшиеся от мира. Огромная популярность нищенствующих монахов обеспечивала усердное содействие населения, на какое не могли рассчитывать епископы, обычно находившиеся во враждебных отношениях со своими духовными чадами, а также и с могущественными баронами и сеньорами, поддержка которых в борьбе с ересью была необходима. Нищенствующие ордена были особенно преданы папству, и они сделали из инквизиции могущественное орудие для увеличения влияния Рима и для уничтожения последних остатков независимости местных церквей. В XIII в. устройство инквизиции, врученной доминиканцам и францисканцам, казалось наиболее действенным средством против ереси.
Способствовало успехам Церкви в предпринятом преследовании светское законодательство против ереси. В Англии и в Арагоне уже в XII в. появлялись эдикты против ереси. Фридрих Барбаросса в 1184 г. санкционировал веронские декреталии Луция III. В 1194 г. император Генрих VI предписал конфисковать имущество еретиков, накладывать на них суровые наказания, разрушать их дома и подвергать крупным штрафам общины и отдельных лиц, если они не будут содействовать их задержанию; в 1210 г. эти предписания были подтверждены Отгоном IV. В 1217 г. граф Русельона объявил еретиков вне закона; в 1228 г. король Арагонский последовал его примеру. Французский король Людовик VIII предписал за ересь конфискацию имущества и лишение всех прав, а государственные чиновники получили приказание карать всех, кто будет уличен в ереси. По действовавшим в 1227 г. статутам Флоренции епископ во всех случаях преследования ереси должен был действовать совместно с подестатом. В Милане в 1228 г. были приняты новые законы по настоянию папского легата Готфрида; еретики должны были быть поставлены вне закона и изгнаны из пределов республики, дома их должны быть разрушены, имущество конфисковано; крупному штрафу подвергался давший им пристанище. Для розыска еретиков, которых должны были допрашивать и судить архиепископ и подестат, была учреждена полусветская, полудуховная инквизиция; подестат должен был в десятидневный срок предавать смертной казни всех, кто будет уличен в ереси. Иннокентий III на Латеранском соборе 1215 г. рядом суровых постановлений определил отношение Церкви к еретикам, а также обязанности светской власти, которая должна была уничтожать их под угрозой обвинения в вероломстве. В ряде указов с 1220 по 1239 г. Фридрих II опубликовал подробный и безжалостный кодекс преследования, основанный на канонах Латеранского собора. Те, которых только подозревали в ереси, должны были по распоряжению Церкви подвергнуться искуплению вины – под страхом лишения гражданских прав и изгнания из Империи; если они находились в этом положении в течение года, их осуждали как еретиков. Все еретики, без различия их учений, объявлялись вне закона; если они были осуждены Церковью, их следовало выдать светским властям для сожжения живыми. Если из страха смерти они отступали от своих верований, их следовало заключить в тюрьму на всю остальную жизнь и наложить на них епитимью; если же они снова впадали в свои заблуждения, их нужно было предать смерти, так как их обращение было неискренне. Все имущество еретиков подлежало конфискации, и их законные наследники лишались права наследования, Их потомки до второго поколения лишались права занимать какую-либо должность, если они не заслуживали прощения, сделав донос на своего деда или отца или на какого-либо еретика. Все католики-соумышленники, покровители, защитники или ходатаи еретиков подлежали вечному изгнанию, их имущество подлежало конфискации, а их дети разделяли участь детей еретиков. Защищавшие заблуждения еретиков рассматривались как еретики, если только они не меняли свое поведение после предупреждения. Дома еретиков и тех, кто давал им пристанище, должны быть разрушены и более не возобновляемы.
Хотя свидетельство еретика не принималось в судах, но было сделано исключение, если его показания были направлены против другого еретика. Облеченный государственной властью чиновник или магистрат должен был давать присягу, что он под страхом потери власти будет работать на уничтожение тех, кого Церковь признает еретиками. Если светский сеньор, призванный Церковью изгнать еретиков из своих владений, не исполнит этого в течение более чем одного года, то его земли может занять всякий верный католик, который, после того как изгонит из них еретиков, может владеть ими, не нарушая прав сюзерена.