Когда была учреждена папская инквизиция, Фридрих в 1232 г. предоставил в распоряжение инквизиторов все силы государства; они имели право требовать вмешательства чиновников, чтобы схватить тех, кого они признавали еретиками, и держать их под арестом до произнесения приговора, по которому виновных следовало предать смерти.
Коронационный эдикт 1220 г. был послан Гонорием в Болонский университет, чтобы его читали и объясняли при изучении права. Он был внесен в сборник феодального права, и его самые суровые предписания стали частью гражданского кодекса. Ряд последующих эдиктов Фридриха папы приказывали всем государствам и всем городам внести в их местные кодексы. Инквизиторы должны были брать с чиновников и магистратов присягу, что они будут руководствоваться этими эдиктами, и отлучать их в случае отказа дать присягу. Законы Фридриха были внесены в Corpus juris (Собрание законов) как основные положения канонического права и номинально не отменены до XIX в.
В 1315 г. Людовик Сварливый распространил действие эдиктов Фридриха на всю Францию. В Арагоне Яков 1 в 1226 г. эдиктом запретил всем еретикам проникать в его владения. В 1234 г. он совместно со своими прелатами учредил епископскую инквизицию при поддержке королевских чиновников.
В Италии в начале XIII в. были многочисленные попытки основания светской инквизиции. В Риме в 1231 г. Григорий IX составил ряд правил, которые были опубликованы от имени римского народа сенатом. На сенаторов возлагалась обязанность арестовывать всех тех, на кого укажут ему как на еретиков; наказание должно было быть приведено в исполнение через восемь дней после осуждения. Из их имущества, подвергавшегося конфискации, треть следовала свидетелю, треть сенатору и треть на восстановление городских стен. Дом, где им дали приют, должен быть разрушен, а его место обращено в свалку нечистот. Католики-соумышленники, покровители и т. п. лишались третьей части своего имущества. Всякий, кто не доносил на известного ему еретика, подвергался штрафу; сенатор, который небрежно исполнял закон, подвергался штрафу в двести марок и лишался права занимать государственные должности. Григорий IX разослал копии этих правил всем архиепископам и владетельным князьям Европы с приказанием применять их в своих владениях для судопроизводства инквизиции. Папа издал декреталий, легший в основание всего последующего инквизиционного законодательства, в силу которого осужденные еретики должны были передаваться в руки светской власти для наказания; те, кто возвращался в лоно Церкви, подвергался пожизненному тюремному заключению, и всякой, узнавши о малейшем проявлении ереси, должен был доносить о нем духовным властям под страхом отлучения от Церкви.
Фридрих II в Сицилийских Конституциях, изданных в 1231 г., приказал своим чиновникам тщательно разыскивать «еретиков, скрывавшихся во мраке». Подозреваемые должны быть задержаны и допрошены духовными лицами; кто окажется хоть в чем-нибудь несогласным с католической религией, в случае упорства отправлялся на костер. Всякий, кто осмелится вступиться за них, подлежал наказанию. Два года спустя император предписал судье каждого округа предпринять расследование в сотрудничестве с прелатами. Епископам он вменял в обязанность объезжать их епархии в сопровождении назначенных для этого судей. В каждой провинции два раза в год происходили заседания главного суда, на которых наравне с другими преступлениями каралась ересь.
Святой Престол старался в начале XIII в. выработать единую систему подавления ереси. Некоторые историки утверждали, что инквизиция родилась 20 апреля 1233 г., когда были подписаны две буллы Григория, поручающие доминиканцам преследование ереси. Григорий обращался к епископам: «Видя, что вы поглощены вихрем забот, мы находим полезным облегчить ваше бремя. Поэтому мы решили послать братьев-проповедников к еретикам Франции и соседних провинций и умоляем и убеждаем вас во имя уважения, которое питаете вы к Святому Престолу, помогать им вашим благорасположением, и вашими советами, и вашей поддержкой, дабы они могли хорошо выполнить свою задачу». Другая булла обращается «к приорам и братьям ордена проповедников, инквизиторам». Упомянув о сыновьях погибели, защищающих ересь, она продолжает: «Вот поэтому во всех местах, где вы будете проповедовать, вы уполномочиваетесь, в случае если грешники, несмотря на предупреждение, будут продолжать защищать ересь, навсегда лишать духовных их бенефиций и преследовать их и всех других судом безапелляционно, призывая на помощь светскую власть, если в этом встретится надобность, и прекращая их упорство, если нужно, посредством безапелляционного наложения на них духовных наказаний».