Церковь проповедовала учение, что инквизитор был духовный и беспристрастный отец, который в своих заботах о спасении душ не должен быть стеснен никакими правилами; Разрешали «в интересах веры» всякий сомнительный вопрос. Инквизитор был уполномочен и подготовлен к тому, чтобы суд его был короток; он не стеснялся формой, не позволял, чтобы ему мешали юридические правила и хитросплетения адвокатов; он сокращал судопроизводство, лишая обвиняемого самой обыкновенной возможности сказать слово в свою защиту, он не давал ему права на апелляции и отсрочки. Ни на одной стадии судебного процесса невозможно было достигнуть законного заключения путем учета процессуальных формальностей, которые выработал вековой опыт, чтобы помешать беззаконию и чтобы дать судье почувствовать всю тяжесть ответственности. Инквизиция облекала дело глубокою тайною даже после произнесения приговора. Если не приходилось делать объявления об отсутствующем, то даже вызов на суд человека, только подозреваемого в ереси, делался тайно. О том, что происходило после явки обвиняемого в суд, знали немногие «скромные» люди, избранные судьей и давшие присягу хранить все в тайне; даже сведущие люди, призванные дать свое заключение о судьбе обвиненного, были обязаны сохранять молчание. Выдержки из протоколов могли сообщаться только в исключительных случаях и с крайней осторожностью.
Инквизиционный суд не подлежал контролю, следствие велось тайно, с применением жестоких, изощренных пыток
Обычно ход инквизиционного процесса был следующим. Указывали инквизитору на отдельное лицо как на подозреваемое в ереси или его имя было произнесено каким-либо задержанным при его признаниях; приступали к негласному расследованию и собирали все возможные свидетельства на его счет; затем его тайно требовали явиться в суд в такой-то день и час и брали с него поручительство; если казалось, что он намеревается бежать, его неожиданно арестовывали и держали под арестом до дня явки на суд. По закону вызов в суд должен был повториться до трех раз, но это правило не соблюдалось. Когда преследование было основано на народной молве, то в качестве свидетелей вызывали первых попавшихся, и когда количество догадок и пустых слухов, распространенных этими свидетелями, боявшимися навлечь на себя обвинение в сочувствии к ереси, казалось достаточным для возбуждения мотивированного дела, то неожиданно наносили удар. Таким образом, обвиняемого осуждали уже заранее; на него смотрели как на виновного уже по одному тому, что его вызывали на суд. Единственным средством спастись было для него признать все собранные против него обвинения, отречься от ереси и согласиться на всякую епитимью, которую могли бы наложить на него. Если же при наличии свидетельств против него он упорно отрицал свою виновность и настаивал на своей верности католичеству, то он превращался в не раскаявшегося, закоренелого еретика, который должен быть выдан светской власти и сожжен живым.