Инквизитор старался добиться признания. Признание сопровождалось всегда изъявлением обращения и раскаяния. Инквизиция считала выдачу единомышленников доказательством чистосердечного обращения. Отказ кающегося еретика выдать своих друзей и близких принимался как доказательство того, что он не раскаялся, и его немедленно выдавали в руки светской власти. Один инквизитор XV в. настаивал, что ни в коем случае обвиняемого не следует отпускать на свободу, взяв с него поручительство; если он раскаивается, то его следует подвергнуть пожизненному тюремному заключению. Доносы были так важны для инквизиции, что она требовала их и обещаниями и угрозами. Наиболее простым способом добиться признания был допрос обвиняемого. Инквизитор подготавливался к нему, сопоставляя и изучая все противоречивые показания, тогда как узник оставался в полном неведении о собранных против него уликах. Уменье вести допрос было главным достоинством инквизитора. Были составлены руководства, в которых содержатся длинные ряды вопросов для еретиков различных сект. Развивалось особого рода тонкое искусство, состоявшее в умении расставлять сети обвиняемым, ставить их в тупик и в противоречие с самим собой. Случалось, однако, что невиновность или хитрость обвиняемого торжествовала над всеми усилиями инквизитора; но в этом случае инквизитор прибегал к обману и пытке. Чтобы вырвать признание у обвиняемого, инквизитор считал уже установленным тот факт, который ему следовало еще доказать, и расспрашивал о разных мелких подробностях. При этом инквизитору рекомендовалось во время допроса перелистывать дело, как будто он справляется в нем, а потом резко объявить обвиняемому, что он говорит неправду, что дело было так-то; взять первую попавшуюся бумагу и сделать вид, что читает в ней «все, что может ввести обвиняемого в обман». Чтобы сделать эту ложь более действенной, тюремщикам было приказано входить в доверие к заключенным, убеждать их скорее сознаться, так как инквизитор человек мягкий и отнесется к ним снисходительно. Затем инквизитор должен был заявить, что у него есть неоспоримые доказательства и что если бы обвиняемый пожелал сознаться и назвать тех, кто ввел его в заблуждение, то его тотчас освободили бы. Более хитрая уловка состояла в том, что с заключенным обращались мягко, подсылали к нему в камеру испытанных агентов снискать его доверие и побудить его к признанию обещаниями снисхождения и заступничества. В удобный момент являлся лично сам инквизитор и подтверждал эти обещания, говоря, что все, что делается для обращения еретиков, есть акт милосердия, что епитимья есть проявление любви к ближнему и духовное лекарство. Когда несчастный просил снисхождения за свои разоблачения, то его успокаивали, говоря, что для него будет сделано гораздо больше, чем он просит.
При такой организации шпионы играли видную роль. Испытанным агентам, проникавшим в камеру заключенного, было приказано вести его от признания к признанию, пока они не получат достаточно материала для его обвинения, но чтобы он этого не заметил. Обычно это поручали обращенным еретикам. Один из них говорил обвиняемому, что его обращение было притворное; после ряда бесед он приходил к нему позднее обычного, и дверь за ним запиралась. Завязывался откровенный разговор, а за дверью скрывались свидетели и нотариус, которые подслушивали все слова жертвы. Всегда, когда это было возможно, пользовались услугами товарищей по заключению, которые получали известное воздаяние за эти услуги. Но применялись также и жестокие меры. Уличенный или только подозреваемый в ереси лишался прав. Его тело отдавалось на усмотрение Церкви, и если самое мучительное физическое страдание могло принудить его сознаться в ереси, то не останавливались ни перед каким мучением, чтобы «спасти его душу».