Но были, однако, нередки случаи, где папа мог вмешаться в дело, ибо Святой Престол не признавал для себя никаких законов. Курия всегда была жадна до денег. Поэтому богатые люди, все состояние которых было поставлено на карту, соглашались разделить его с папским двором, лишь бы добиться его всемогущего вмешательства. Уже в 1245 г. епископы Лангедока жалуются Иннокентию IV, что многие еретики, благодаря подобной уловке, ускользают от наказания. Грамоты папских духовников давали неприкосновенность не только тем, кто попал под суд, но и тем, кто опасался вызова в суд, тем, кто был отлучен от Церкви за уклонение от суда, и тем, кто был уже осужден.
Папское вмешательство противоречило закону и было, вообще говоря, исключением. Осуждение в той или иной форме все равно считалось неизбежным. В реестре каркассонской инквизиции с 1249 по 1258 г. записано около двухсот дел, и нет ни одного случая, чтобы заключенный был выпущен из тюрьмы как невиновный. Коли против человека не было никаких улик и он отказывался признаться во взводимом на него прегрешении, его держали в тюрьме столько времени, сколько было угодно инквизитору; если поводом к его обвинению была косвенная улика и подозрение было легкое, то он мог быть отпущен на свободу с внесением залога и под условием стоять у дверей инквизиции по целым дням, пока инквизитор не будет в состоянии доказать его виновность, признанную несомненной. К северу от Альп было общим правилом, что никто не должен быть оправдан. Если обвинение совершенно падало, то инквизиционный суд выносил вердикт: «обвинение не доказано»; но не говорили, что обвиняемый был невиновен. Инквизиторам приказывали никогда не объявлять никого невиновным, так как это могло бы служить помехой возбуждать дело впоследствии на основании новых обвинений.
Климент V, правда, внес в каноническое право запрет инквизиторам судить несправедливо, действовать лицеприятно, руководиться ненавистью или алчностью, грозя за это отлучением от Церкви, снять которое может только Св. Престол. Но благонамеренные усилия Климента не увенчались успехом.
Признание подозрения виной значительно облегчило инквизиции возможность не выносить оправдательных приговоров. Эдиктом Фридриха II предписывалось, что подозреваемые в ереси должны были доказать свою невиновность, если этого требовала Церковь; в противном же случае они лишались покровительства закона; если на них было наложено это наказание и тяготело оно над ними в течение года, то их с полным правом осуждали как еретиков. Это узаконение значительно отягчало подозрение в ереси и тщательно соблюдалось.
Подозрение могло возникнуть разными путями, но особенно порождала его общественная молва. Достаточно было не принести в определенное время клятвенного отречения от ереси, наложенного на всех жителей Лангедока в XIII в., не донести на еретика, иметь у себя еретические сочинения. Но инквизитору предоставили в каждом случае определять степень подозрения. Считалось, что подозреваемые не суть еще еретики, что их нельзя осуждать наравне с последними и что на них следует налагать более легкое наказание, за исключением случаев тяжелого подозрения. Но обвиняемый не мог снять с себя «тяжелое» подозрение, так как не мог выставлять свидетелей. Обвиняемый мог совершенно не быть еретиком, но если он отказывался отречься от ереси, т. е. если он, другими словами, отказывался косвенно сознаться в своей мнимой вине, то его следовало выдать в руки светской власти; если он сознавался и просил воссоединить его с Церковью, то его следовало заключить в тюрьму на всю его остальную жизнь.