В 1247 г. Иннокентий IV в одном документе упоминает, что для уничтожения ереси католики опустошили большую часть области, тысячи еретиков были уведены в плен, кровь лилась потоком. Иннокентий IV приказал Беле предпринять решительную борьбу против катар. Но Нинослав подал папе жалобу, в которой протестовал против подчинения его Церкви. Он писал, что после обращения прибегал к помощи еретиков только для сохранения независимости банства. Иннокентий IV внял жалобе и предписал епископу Калочи воздержаться от всякого нового преследования, он приказал произвести расследование о вере и поступках Нинослава и разрешил употребление глаголического письма и богослужение на славянском языке, думая этими поступками устранить одно из препятствий к распространению католичества. После смерти Нинослава, около 1250 г., вспыхнули гражданские войны, вызванные враждой между катарами и католиками. Преемником Нинослава был Приезда, обратившийся в 1233 г. и оставшийся с этого времени верным католичеству. Под предлогом поддержать Приезду Бела в 1254 г. снова подчинил себе Боснию. Хотя царствование Белы продолжалось до 1270 г., все его попытки уничтожить ересь кончились ничем.
Положение еще более осложнилось в 1272 г., когда на престол вступил внук Белы, Владислав IV Кумана (его мать, Елизавета, происходила из половцев-куман). Свое презрение к Святому Престолу он выразил тем, что приказал магистратам Буды не впускать в город ни одного прелата, сорвал созванный здесь легатом собор; легату пришлось удалиться. Рудольф Габсбургский и Карл Анжуйский в 1280 г. заставили Владислава принести повинную, принять и опубликовать папские статуты против ереси и принести клятву в том, что он энергично будет преследовать ересь. То же должна была сделать и мать его Елизавета. Большой успех папства стал еще заметнее в 1282 г., когда Владислав назначил правителем Боснии своего зятя, изгнанного сербского короля Стефана Драгутина. Драгутин, хотя и принадлежал к греческой Церкви, энергично преследовал катаров, а около 1290 г. сам перешел в католичество. Он послал в Рим епископа просить помощи для искоренения ереси. Николай IV в ответ послал к венгерскому королю Андрею III легата дли проповеди крестового похода и просил императора Рудольфа оказывать свое содействие. Папа приказал послать в Боснию двух монахов-францисканцев, знающих местный язык, проповедовать против еретиков. Эти миссионеры были одновременно и инквизиторами. В 1299 г. папа уполномочил градского архиепископа преследовать катаров. Двух инквизиторов должны были направить доминиканцы или францисканцы. В 1314 г., когда умер Стефан Драгутин, Босния была завоевана сыном бана Хорватии, Младеном Шубичем, и стала вполне независимой от Венгрии. Так как большинство подданных были катары, в поддержке которых он нуждался, серьезных попыток преследования еретиков не предпринималось. В Боснии не было католических священников, таинства не соблюдались; никто не причащался и во многих местностях не знали даже таинства крещения или понимали его неверно. Папа Иоанн XXII пытался в 1319 г. склонить Младена уничтожить катаризм, так как сам не располагал никакими средствами для водворения там католичества.