Епископы воспользовались всеобщей ненавистью, вызванной фанатизмом Конрада, чтобы удержать свою юрисдикцию и ограничить прерогативы инквизиции. Им помогла ссора между Фридрихом II и папством. Даже после смерти Фридриха, во время Великого Междуцарствия и при императорах, находившихся под влиянием Св. Престола, потребовалось целое столетие, прежде чем папы сделали серьезную попытку ввести инквизицию в Германии. Не известно ни одной попытки, ни одного назначения, ни одной посылки папами инквизиторов в Германию в конце XIII-XIV вв.
В 1233 г. убийство епископа Хурского было приписано еретикам. В течение 1234 г. доминиканцы и францисканцы зажгли много костров. Но в 1235 г. городские власти Страсбурга предложили монахам обращать людей словом убеждения и не сжигать никого, если не будет выслушана защита. Еретикам Галле было приписано учение, отрицавшее «власть папы», повиновение интердиктам и запрет совершать таинства священнику, бывшему в грехе; они явились в 1248 г. на суд, были благосклонно выслушаны знатью и ободрены королем Конрадом, против которого папа затевал крестовый поход.
Существование ереси и епископской инквизиции, хорошо организованной и имевшей полный кодекс судопроизводства, засвидетельствовано сочинениями Давида Аугсбургского и Пассауского Анонима. Местом деятельности Анонима была огромная Пассауская епархия, охватывавшая Восточную Баварию и Северную Австрию. Однако здесь вальденская ересь была широко распространена, как и во всей Южной Германии, несмотря на преследование. Немецкие прелаты противились введению папской юрисдикции против ереси. Епископская же инквизиция была непостоянна и недейственна. Однако преследование шло своим чередом то в одном городе, то в другом; но местное и временное преследование не отличалось настойчивостью, необходимой для уничтожения ереси. Майнцский собор 1261 г. предал анафеме всех еретиков и приказал всем епископам уничтожить ересь в их епархиях, применил к личности и имуществу еретиков папские декреты и выработанные на предшествующем провинциальном соборе статуты.
В конце XIII и в начале XIV в. внимание католиков было привлечено некоторыми учениями, распространенными среди полумонашеских корпораций, которым долго покровительствовала Церковь. Это были общины бегинок и бегинов, бегардов, лоллардов, келлитов и т. д. Наиболее вероятно, что названия бегард и бегин происходят от древненемецкого слова beggan. что значит просить, нищенствовать, а название лоллардов – от слова lullen – бормотать молитвы. Общества лоллардов, или келлитов, были основаны в Антверпене около 1300 г. во время чумы мирянами, посвятившими себя уходу за больными и сумасшедшими, погребению мертвых; деньги лолларды добывали трудом и нищенством. Общества келлитов из Нидерландов распространились по рейнским провинциям и по всей Германии. Подобно бегардам, они становились жертвами преследования, но магистраты городов ценили их и оказывали им покровительство. В 1473 г. Карл Смелый получил от Сикста IV буллу, которая ставила их в число признанных монашеских орденов и избавляла от подсудности епископам. В 1506 г. Юлий II дал им особые привилегии.
Разные причины побуждали многих людей стремиться к монашеской жизни, не связанной, однако, обетами, отделявшими человека от обычной жизни. Особенно это стремление распространилось среди женщин, которые, оставшись без поддержки, искали защиты от опасностей, отовсюду грозивших в те времена, и покровительства у Церкви. Образовывались общины, сначала исключительно женские, члены которых давали обет сохранять целомудрие и послушание только до тех пор, пока находятся в общине, вносили на содержание общины свою часть трудом или прошением милостыни, исполняли религиозные требования и ухаживали за больными в больницах. Подобные общины впервые появились в Нидерландах уже в 1065 г. Урон, произведенный в мужском населении крестовыми походами, значительно увеличил число беззащитных женщин и дал новый толчок к развитию бегинства. Мужчины образовали подобные же общины, и вскоре ими были покрыты Германия, Франция и Италия.
Эти общины в XIII в. отвечали нравственным взглядам эпохи. Во Фландрии графы оказывали им поддержку. Григорий IX и его преемники им покровительствовали. Людовик Святой предоставил бегинам и бегинкам дома в Париже и в других городах и дал им крупные пожертвования. Поддержка вызвала быстрый рост числа этих общин. У них было множество последователей в Париже. В Кёльне и его окрестностях около 1240 г. их насчитывалось до двух тысяч; столько же было их в единственной бегинской общине в Брабанте.
Над монахами можно было установить известный надзор и предписать им известные правила; но нельзя было сделать того же в отношении членов этих свободных общин, которых не связывал обет, данный навеки. Серьезная опасность для Церкви заключалась в той легкости, с которой бегины и бегинки могли впасть в противоречия католичеству.