В ту эпоху в церковных кругах некоторые понимали, что бегины могут сделаться причиной серьезных опасностей. Между прочим в вину им ставили то, что они читали и объясняли Священное Писание на народном языке. В 1250 и в последующих годах кельнские бегины и бегинки часто жаловались папским легатам на притеснения духовенства и мирян. В 1259 г. Майнцский собор осудил «вредоносную секту» бегардов и бегинок. Всем священникам было приказано предложить этим бегардам и бегинкам изменить образ жизни и изгнать из приходов тех из них, кто проявит упорство. В 1267 г. Трирский собор запретил бегинам и бегинкам проповедовать ввиду того, что они распространяли ересь. В 1287 г. Льежский собор запретил тем, кто не жил в бегинских обшинах, иметь особую одежду и пользоваться привилегиями бегинов. Около этого же времени в Швабии некоторые члены общин бегардов и бегинов старались убедить своих собратьев, что им лучше служить Богу «в свободе духа»; тогда епископы начали разгонять эти общины, и многие из их членов просили дать им монастырский устав св. Августина. В это самое время ученики Ортлиба Страсбургского – Братья Свободного Духа стали выдавать себя за бегардов и бегинов и какое-то число истинных бегардов и бегинов приняло учение Амори. Число лоллардов, бегардов и бегинов, принявших это учение, было сравнительно невелико, но общины, где исповедовали самое чистое католичество, подвергались притеснениям только за то, что носили одно имя с виновными. Положение их еще более ухудшилось, когда Иоанн XXII начал преследовать ересь францисканцев-спиритуалов. Францисканские терциарии во Франции назывались обыкновенно бетонами; под этим названием стали известны и эти еретики-спиритуалы. Это смешение имело печальное влияние на участь добродетельных и правоверных бегинов: Церковь обычно распространяла осуждение на всех бегардов и бегинов, не различая их.
Основной принцип веры Братьев Свободного Духа был пантеистический: Бог – во всем, что существует. Все исходит от Бога, и все к Нему возвращается. Всякое внешнее поклонение бесполезно; это сразу уничтожало значение церковных обрядов и таинств. Человек содержит в себе все Божеские свойства; всякий может утверждать, что он создал вселенную; это было одним из обвинений, выставленных против магистра Эккарта. Человек может объединиться с Богом и делать все, что делает Бог; поэтому человек не нуждается в Боге и во всем, что он делает, нет никакого греха. В таком состоянии совершенства он ничем не огорчается, ничему не радуется; он свободен от всех обязанностей и от всякого долга. Никто не обязан работать из-за куска хлеба; все принадлежит всем вообще; всякий может брать все, что ему угодно для удовлетворения своих потребностей или своих желаний. Практические следствия этих учений были смертельны не только для Церкви, они были также опасны и для нравственного и общественного порядка. Ссылаясь на авторитет св. Павла, Братья Свободного Духа считали себя свободными от всех стеснений закона. Одной из ветвей этой секты считали и луцифериан: пантеизм неизбежно включал и сатану в число творений Бога. В 1321 г. в Кремаре, в Пассауской епархии, открыли несколько еретиков луцифериан; епископ, зальцбургский архиепископ и герцог Австрийский решили уничтожить эту ересь с помощью доминиканской инквизиции, которой удалось здесь удержаться; преследование продолжалось до 1315 г., но не привело к полному уничтожению ереси. Все, кого открыли, остались непреклонны и погибли на кострах.Это учение особенно сильно было распространено в Чехии и в Австрии; в 1338 г. и в 1395 г. многие из его приверженцев были сожжены.