В 1336 г. была открыта в Австрии крупная секта луцифериан. Их обряды – это вечный рассказ о колдовстве. Они заразили своей ересью огромное число людей, и для их уничтожения были широко применены костер и другие жестокие наказания.
В следующем году много простых людей в Бранденбурге были вовлечены в поклонение дьяволу тремя злодеями, которых обратил в бегство один доминиканец. Однако простые люди продолжали упорствовать в своих заблуждениях и предпочитали костер отречению. Другой случай луциферианизма был обнаружен в Зальцбурге в 1340 г. В кафедральном соборе священник Рудольф бросил на землю чашу с причастием, уже раньше подобное святотатство он совершил в Галле. Он упорствовал в своей ереси и был сожжен. В 1339 г. три старика-ересиарха Братьев Свободного Духа были арестованы в Констанце и судимы епископом. Они были признаны виновными в святотатстве и богохульстве, но твердо стояли на своем до тех пор, пока их не повели на казнь; тогда они отреклись и были осуждены на пожизненное заключение в башне на хлеб и воду. В 1342 г. двое других были доведены силою до раскаяния в Вюрцбурге.
Однако преследование еретиков велось с перерывами. Поэтому, например, в Швабии в 1347 г. ересь бегардов распространялась беспрепятственно и безудержно. Еретик Иоганн Мехлин открыто проповедовал свое ложное учение по всей Верхней Германии; его красноречие привлекало к нему огромное число учеников, даже среди знатных и духовных. Подобная веротерпимость существовала и в Нидерландах, так как известно, что около этого времени в Брюсселе жила одна женщина, писавшая трактаты о Духе Свободы и о Любви. Небольшая секта, основанная ею, просуществовала до начала XV в. В тридцатые годы XIV в. кардинал Пьер д'Айльи приказал инквизитору уничтожить еретиков; преследование шло без жестокостей, лишь с помощью проповеди; однако можно думать, что инквизитор не ограничивался одним этим, так как еретики составили заговор убить его; но инквизитор внезапно исчез.
После спорного избрания в 1314 г. Людовика Баварского отношение между империей и папством были чрезвычайно натянуты. Победа при Мюльдорфе в 1322 г., обеспечившая Людовику императорскую власть, вызвала в 1323 г. окончательный разрыв между Людовиком и Иоанном XXII. Каждый из противников называл своего врага еретиком и объявлял его лишенным всех прав. Когда Иоанн предал Германию интердикту, то Людовик в ответ на это начал жестоко преследовать духовных лиц, признававших папские духовные наказания. Это препятствовало преследованию ереси. Когда в 1347 г. Людовик умер и императором был признан его соперник Карл IV, «император священников», Рим надеялся, что будет разбита оппозиция епископов папской инквизиции и что начнется постоянное и систематическое преследование; в Германии будет покончено с веротерпимостью. В 1348 г. Иоганн Шанделанд, доктор доминиканского монастыря в Страсбурге, был назначен папским инквизитором для всей Германии. Но в 1347 г. «черный мор» перешел с Востока в Европу; он быстро распространялся в течение 1348-1349 гг., охватив Францию, Италию, Венгрию, Германию и Англию. В одной только Флоренции с марта по июль 1348 г. умерло до ста тысяч человек. В Париже погибло пятьдесят тысяч жителей; в С.-Дени и Страсбурге по шестнадцать тысяч.
Бедствия черного мора вызвали лихорадку раскаяния, хотя Германия менее пострадала, чем остальная Европа; в ней погибло только около четверти населения, но весной 1349 г. страна вдруг покрылась толпами флагеллантов (бичующихся), заглаживавших свои грехи самобичеванием. От Польши до Рейна процессии флагеллантов встречали мало препятствий. Однако в Эрфурте городские власти запрещали им вход; из Магдебургской провинции их прогнал архиепископ. Когда флагелланты Страсбурга решили устроить постоянное братство, Карл IV воспротивился этому; эти бродячие толпы уже приняли угрожающий характер; в разных местностях эти фанатики жестоко преследовали евреев; толпы нападали на церкви и духовенство. В Турнэ оратор флагеллантов объявил, что нищенствующие монахи – скорпионы и антихристы; на границах Мейсена два доминиканца, вздумавшие образумить толпу флагеллантов, были побиты камнями. 20 октября 1349 г. вышла булла, осуждавшая флагеллантов. Это осуждение основывалось на презрительном отношении их к «власти ключей» (папе) и церковному благочинию, в устраивании самостоятельных общин и совершении обрядов, несходных с общепринятыми. Папа упоминал о жестокостях, совершенных ими против евреев, и о покушениях против собственности и юрисдикции Церкви. Всем прелатам было приказано распустить немедленно конгрегации бичующихся; тех же флагеллантов, которые не послушаются, заключить в тюрьму до нового распоряжения, а в случай нужды прибегать к помощи светской власти.