В 1372г. инквизиция судила еретика – гальберштадтского епископа Альберта. Этот прелат публично проповедовал учение, наносившее смертельный удар призыванию святых, заупокойным обедням и пожертвованиям в пользу духовенства. Григорий XI приказал инквизитору вместе с приором Эрфурта и с одним августинским монахом принудить епископа отречься, а в случае его отказа передать дело на суд папы. В начале 1373 г. папа назначил императорского капеллана-доминиканца инквизитором в Трирскую, Кельнскую и Люттихскую епархии, указав ему на бегинок и бегардов, как на главную добычу. Император Карл дал новому преследователю все привилегии, указанные в императорском рескрипте 1369 г., и приказал герцогам Люксембурга, Брабанта, Лимбурга и Юлиха, князьям Монса и Клеве и графам Марки, Кирхберга и Шпангейма действовать в качестве охранителей и блюстителей эдикта. Хотя деятельность инквизиции была главным образом направлена против Братьев Свободного Духа, не забывали и флагеллантов, которые в 1372 г. снова появились в различных местностях Германии. Григорий XI послал инквизиторам инструкции об истреблении этих еретиков. В 1373 и гг. это неукротимое стремление к покаянию выразилось в новой форме, которая впервые проявилась в Ахене при освящении церкви. Толпы, состоящие в большинстве из бедных и простых людей обоего пола из Рейнских провинций, наводнили Фландрию, танцуя и распевая, как бесноватые. На них долго смотрели как на одержимых бесом, но когда толпа этих плясунов собралась в Герестале уговориться об избиении всех каноников и духовных лиц Люттиха, то поняли, что это безумие совсем не безвредно. Оно распространилось на значительную часть Германии и держалось несколько лет. Хотя эта мания сама по себе не заключала ереси, но в некоторых местностях она вызвала еретическое отношение к таинствам, совершенным недостойными священниками.
Едва только правильно организованная инквизиция принялась за работу, бегарды и бегинки еретики стали главным объектом ее деятельности, а бегарды и бегинки католики – ее алчности: страдания последних скоро вызвали к ним сочувствие, поэтому Григорий XI в апреле 1374 г. требовал от архиепископов Майнца, Трира и Кельна донесений о жизни обвиняемых, которых он примет под свою защиту, если они окажутся невинными, или накажет их, если они действительно виновны. Из Кельна и Вормса пришли ответы, удостоверявшие, что преследуемые общины состояли из верных католиков. В Кельне гражданские власти жаловались папе на доминиканского инквизитора, который мучил бедных людей, и просили, чтобы были прекращены начатые дела. Жертвы, люди простые и мало образованные, вели такой примерный образ жизни, что даже духовенство защищало их от инквизиции.
После смерти в 1378 г. Григория XI и Карла IV инквизиция не могла действовать независимо от епископов. В 1381 г. не было инквизиторов в епархиях Ратисбона, Бамберга и Мейсена, архиепископ Пражский, в качестве папского легата, приказал епископам назначить их и грозил в случае неповиновения сам сделать назначение. Впрочем, инквизиция не совсем прекратила свою деятельность. Под 1392 г. хроника упоминает о папском инквизиторе, который в Вюрцбурге нашел среди крестьян и простого народа флагеллантов и бегардов. Они подчинились наложенной на них епитимьи – принять участие в крестовом походе, который проповедовался тогда против турок. Это первый случай применения этого наказания в течение почти целого столетия. Затем этот инквизитор в Эрфурте нашел много таких же еретиков; некоторые из них оказались упорными и были сожжены, на других была наложена епитимья, а остальные бежали. В следующем году папский инквизитор Альберт приказал сжечь в Кельне видного бегарда – бывшего бенедиктинского монаха.
Около этого времени после долгого перерыва снова вспомнили о вальденцах, которые дотоле не привлекали к себе внимания благодаря их внешнему сходству с католиками. Они производили многочисленные обращения крестьян и ремесленников и заполнили всю Германию своими последователями, к которым можно прибавить близко родственную секту винкелеров. Около 1390 г. они были открыты в Майнце, где жили тихо в течение ста лет. Архиепископ в 1392 г. дал полномочия епископского инквизитора епископу Туля, декану св. Стефана и священнику гамбургского собора. Папский инквизитор мог, если ему было угодно, присоединиться к ним. Назначенным инквизиторам было предоставлено право арестовывать еретиков, судить их, пытать и выдавать в руки светской власти. Им было приказано действовать согласно с методами инквизиции. Много вальденцев содержалось уже в епископской тюрьме; был предпринять энергичный розыск других еретиков. Благодаря широкому применению пытки удалось получить нужные признания и разоблачения. Упорствовавшие были выданы в руки светской власти, и в 1392 г. в Бингене состоялось аутодафе, на котором было сожжено тридцать шесть еретиков.