Около 1400 г. в Страсбурге было начато жестокое преследование еретиков-винкелеров; кроме Страсбурга их общины были в Майнце и Гагенау. В признаниях они называли своих единоверцев, живущих в Нордлингене, Ратасбоне, Аугсбурге, Тишенгене, Золотурне, Берне, Вейссенберге, Шпейере, Иольцгаузене, Верте, Фридберте и Вене. Хотя они и не были вальденцами, но имели так много общего с ними, что различие между этими двумя сектами заключается скорее в организации, чем в учении. В 1374 г. один из этих винкелеров перешел в католичество. Из боязни, чтобы он не выдал маленькой общины, его убили; наемные убийцы принесли покаяние и получили прощение. Несколько лет спустя инквизитор, которому грозила подобная же месть, покинул город. Преследование окончилось осуждением до тридцати семейств; многим еретикам удалось остаться незамеченными. Среди них был только один знатный, который отрекся и лет двадцать спустя занимал видную должность в городе. Хотя несколько еретиков были сожжены в Ратисбоне, еретики Страсбурга подкупили инквизитора, и он приговорил несколько виновных только к епитимье. Доминиканцы требовали, чтобы еретики были сожжены, но городские власти ходатайствовали пред епископским судьей, и самым суровым наказанием было изгнание, однако для получения признания применялась пытка. После этих событий о винкелерах и вальденцах в Страсбурге не было слышно ничего до сожжения в 1458 г. еретика. В Германии святой трибунал более обращал внимание на бегардов, чем на вальденцев. Епископы и многие инквизиторы соединились против бегардов, но подозреваемые имели покровителей среди прелатов. Около конца 1393 г. эти могущественные друзья просили для бегардов покровительства Бонифация IX. Бонифаций 7 января 1394 г. в бреве немецким прелатам приказывал расследовать, не виновны ли подозреваемые в заблуждениях, осужденных Климентом V и Иоанном XXII, и не принадлежат ли они к какому-нибудь не утвержденному монашескому ордену. Если ничего этого не окажется, то папа соглашался поддерживать их. Это бреве до 20 октября 1396 г. оставалось в силе. Инквизиция, однако, посвоему изложила дело Бонифацию: в течение ста лет ереси скрывались под маской бегардов и бегинок; почти каждый год в разных городах империи сжигали не раскаявшихся еретиков; но всякому мероприятию против бегардской ереси мешали папские статуты, направленные к ее защите. Бонифаций буллой от 31 января 1396 г. снова привел в действие декреты Урбана V, Григория XI и Карла IV и приказывал инквизиции энергично преследовать бегардов и лоллардов. Эта мера позволяла притеснять католические общества наравне с еретиками Братьями Свободного Духа. Некоторые епископы приказали священникам отлучать от Церкви и преследовать бегардов. Однако это усиление преследования вызвало новое вмешательство друзей жертв. Добились, что Бонифаций снова издал буллу, подтвердив указ об уничтожении еретиков; папа добавляет, что существуют благочестивые общины, известные под именем бегардов, лоллардов, и что члены этих общин должны просить милостыню и жить по принятому ими уставу. Он угрожает отлучением от Церкви всякому инквизитору, который будет притеснять их, если только эти бегарды и лолларды не будут признаны виновными духовными судьями епархии. Подобное решение было равносильно предоставлению дела на усмотрение местных властей. Святой трибунал добился от Бонифация IX подтверждения этих булл в 1395 г. В 1399 г. удалось увеличить до шести число инквизиторов для одной только доминиканской провинции Саксонии, которая охватывала огромные округи архиепископий Майнца, Кельна, Магдебурга и Бремена, к которым присоединялись еще Рюген и Камин. Камин принадлежал к Гнезненской провинции, а Рюген составлял часть епархии Роскильда, суффрагана Лундской митрополии в Швеции. Это единственный пример распространения инквизиционной юрисдикции на скандинавскую страну, если не считать бесплодной попытки ввести там инквизицию в 1421 г. вследствие волнений, вызванных гуситами.
Через несколько лет после этого увеличения могущества инквизиции в Саксонии Бонифаций издал новую буллу, приказывающую прелатам и светским князьям Германии оказывать помощь и покровительство монаху Эйларду Шеневельду и другим инквизиторам и предоставить свои тюрьмы в распоряжение инквизиторов. Эйлард энергично принялся за дело в странах, соседних с Балтийским морем. В 1402 г. он приказал муниципальным магистратам Любека арестовать дольчиниста; обвиняемый был неоднократно допрошен в присутствии многих духовных, монахов и мирян и сожжен. В 1403 г. инквизитор арестовал в Страсбурге священника, который был сожжен на костре как закоренелый еретик. В Ростоке Шеневельд осудил за ересь одну женщину, которая прогнала своего сына, цистерцианского монаха, убеждавшего ее отречься: она также погибла на костре.