Много указаний предсказывало в XV в. неизбежность близкого разрыва. Между людьми, выражавшими презрение к власти Рима, наибольшею известностью пользовался Григорий Геймбургский, который доказывал на основании Св. Писания, трудов отцов Церкви и истории, что Церковь подчинена государству. В октябре 1460 г. он был объявлен еретиком. В октябре 1461 т. папа послал монаха проповедовать веру и предохранить верных от заблуждений, распространяемых Григорием; он приказал городским властям Нюрнберга отобрать имущество Григория и изгнать отлученного от Церкви или выдать его судьям, которые приговорили бы его к наказанию. Григорий бежал в Чехию к Юрию Подебраду. В 1471 г. Подебрад умер, и Григорий переселился в Саксонию, где ему оказал покровительство герцог Альберт, примиривший его с Сикстом IV. На Пасху 1472 г. Григорий получил папское прощение, а в августе того же года умер после двадцати пяти лет непрестанной борьбы с папством.
Григорий Геймбургский олицетворяет восстание против Рима правящих классов, а Ганс Никлаусгаузенский представляет оппозицию официальной Церкви низших классов населения. Ганс Бёгейм, родом из Чехии, основался в Никлаусгаузене близ Вюрцбурга. Он утверждал, что Св. Дева поручила ему объявить народу, что Христос не может долее переносить гордость, алчность и сластолюбие духовенства и что мир погибнет из-за испорченности священников, если они не исправятся. Рим несправедливо правит Церковью. Он сам, Ганс Бёгейм, может давать индульгенции своим ученикам. Народ толпами валил из рейнских провинций, Баварии, Тюрингии, Саксонии и Мейсена послушать вдохновенного проповедника. Вюрцбургский епископ много раз запрещал паломничество в Никлаусгаузен, но все эти запрещения не имели никакого действия. Епископ в начале июля 1476 г. послал стражу схватить Ганса. Тот сознался под пыткой, что все его откровения были ложны, и был приговорен к костру 19 июля. Но даже и смерть ересиарха не открыла глаза его ученикам. Спустя три месяца майнцский архиепископ Дитер наложил интердикт на Никлаусгаузен, чтобы прекратить паломничества.
Григорий Геймбургский и Ганс Никлаусгаузенский воплотили в себе ненависть, которую питало против Рима все светское население от самого знатного до самого скромного из граждан. Иоганн фон Рухрат из Везеля свидетельствует, что это чувство разделяли и многие члены Церкви. Рухрат был одним из самых выдающихся богословов и проповедников, которыми могла в то время гордиться Германия. Подобно Лютеру, истинным предшественником которого он был, он начал с нападок на индульгенции по случаю юбилейного 1450 г. Шаг за шагом он дошел до отрицания за Церковью разных прав, до отрицания предания и отцов Церкви и до утверждения, что сила в одном только Писании.
Майнцскому архиепископу Дитеру Изембургскому в 1479 г. грозили от Рима большие неприятности, если он не выдаст Иоганна.
В Майнцской провинции не было инквизитора, и поэтому был послан кельнский инквизитор доминиканец Гергард фон Эльтен. Его сопровождал брат Иаков Шпренгер, который еще не был инквизитором, но впоследствии занимал этот пост и сжег много колдуний. В то же время прибыли в Майнц богословы Гейдельбергского и Кельнского университетов, которые должны были участвовать в суде как эксперты и заседатели. Дело велось при открытых дверях, в присутствии многочисленных слушателей из светских и духовных лиц. Собрание началось 8 февраля 1479 г., под председательством инквизитора Эльтена, помощником которого был архиепископ Дитер. Иоганн хотел защищаться, но его прервали, обругали и пригрозили, так что он просил только прощения. После этого его подвергли долгому и утомительному допросу. Комиссии из докторов Кельна и Гейдельберга поручили решить судьбу обвиняемого. На другой день Иоганн снова явился и подвергся новому допросу, во время которого он попытался доказать справедливость своих теорий.
10 февраля приступили к обращению заблудшего. «Если бы Христос был здесь, – сказал Иоганн, – и если бы вы обращались с Ним так, как обращаетесь со мной, то вы осудили бы Его как еретика». Преклонный возраст, истощение сил, темная и холодная тюрьма сломили его упорство. Он публично отрекся и покаялся; его сочинения были сожжены в его присутствии, а сам он был приговорен к пожизненному заключению в августинском монастыре в Майнце. Он умер в 1481 г.