В 1380 г. новый папа Климент VII возобновил полномочия инквизитора Бореля; деятельность этого изувера продолжалась до 1393 г., и жертвы его исчислялись сотнями. Только в 1393 г. сто пятьдесят еретиков были сожжены в один день в Гренобле по его приказанию. Обращенным оставлялось их имущество, но они обязывались платить ежегодно инквизитору своими трудовыми деньгами известную сумму, как это видно из списка, составленного в 1385 г.
В сущности, в эту эпоху вальденцы были единственными еретиками, с которыми Церкви приходилось бороться. Но после XIV в. инквизиция во Франции бездействовала: епископские суды были единственными, ведущими преследование ереси. Однако о вальденцах епископы не забывали, а инквизиторы им помогали даже без напоминании пап.
В 1417 г. одна женщина была сожжена в Монпелье за принадлежность к вальденской ереси инквизитором, действовавшим совместно с епископом Магеллона; Инквизитор Эмбрена в августе 1417 г. писал на Базельский собор, что, несмотря на многочисленные казни, уже произведенные им, вальденцы продолжают процветать в долинах Фрейсиньера, Аржантьера и Пюта, некогда почти лишенных жителей после жестоких походов Бореля. Он содержит в темницах в Эмбрене и Безансоне шесть еретиков-рецидивистов, которые назвали ему более пятисот еретиков, и он надеется в самом непродолжительном времени схватить этих мятежников.
В 1441 г. инквизитор Прованса сделал несколько попыток преследования, но без большого успеха. В 1465 г. в Лилле проходил процесс пяти вальденцев, из которых четверо принесли покаяния, а один был сожжен.
Пользуясь некоторым ослаблением преследования в XIV-начале XV вв. вальденцы осмеливались открыто проповедовать свою веру и многих совратили. Мало того, когда епископы или инквизиторы пытались их усмирить, они обращались с жалобой в королевский суд, который давал им охранные грамоты. Поэтому 1 июня 1475 г. Сикст писал Людовику XI, что король, по-видимому, не знает, как поступают его представители; иначе он поторопился бы осудить их поступки и предоставил бы, как было прежде, инквизиции поддержку всех сил государства. Только в 1475 г. инквизиторы серьезно занялись преследованием вальденцев в долинах у истоков Дюранса. Тем не менее государство сильно ограничило произвол инквизиторов.
Ордонансом 18 мая 1478 г. король объявлял, что все его подданные в Дофинэ – добрые католики. С пренебрежением упоминает он о «старых нищих», которые именуют себя инквизиторами, мучают верных католиков обвинениями в ереси и изнуряют их преследованиями перед королевскими и духовными трибуналами с единственной целью выжать из них деньги или поживиться от конфискаций. В заключение он запрещает своим представителям помогать этому делу; он повелевает восстановить еретиков во владении отнятым у них родовым имуществом и, чтобы положить предел обманам и злоупотреблениям инквизиторов, впредь не позволять им преследовать королевских подданных.
Покушение святого трибунала на вальденцев Дофинэ на некоторое время прекратилось. В 1483 г. смерть Людовика XI лишила их покровителя. По ходатайству архиепископа Эмбренского, Иннокентий VIII снова приказал начать преследования. Инквизитор-францисканец, действия которого вызвали в 1475 г. жалобу королю, снова принялся за дело и сжег двух консулов Фрейсиньера. Раздраженный упорством еретиков, архиепископ предложил им летом 1486 г. или покинуть страну, или покориться. Так как они не исполнили ни того, ни другого, то он их отлучил от Церкви. В 1488 г. был предпринят крестовый поход против Дофинэ и Савойи. Делегат папы получил помощь от парламента Гренобля; была собрана армия. В марте 1489 г. крестоносцы двинулись в поход на долину Пражелато, и в течение нескольких дней жителям оставался только выбор между отречением от ереси и смертью, пятнадцать закоренелых еретиков было сожжено. В Валь-Клюзоне и Фрейсиньере сопротивление было более упорное; там началась такая резня, что напуганные жители Аржантьера покорились без сопротивления. В Валь-Пюте население укрылось в пещере Эгю-Фред, но крестоносцы зажгли огонь у входа в пещеру, там задохнулось три тысячи человек, в том числе четыреста детей. Этот поход и конфискации, которые разделили между собой Карл VIII и эмбренский архиепископ, нанесли смертельный удар вальденской ереси. Чтобы ересь не воскресла, инквизитор Прованса продолжал вызывать на суд, произносил обвинения против не явившихся, конфисковал имущество еретиков-рецидивистов и закоренелых.