Акты Таррагонского собора 1291 г. свидетельствуют, что арагонская инквизиция не отличалась особой активностью и не пользовалась особым уважением. Поэтому собор приказал наказывать еретиков и держать в страхе всех хулителей католической веры. Приходским священникам было приказано оказывать всякое содействие доминиканским инквизиторам, искореняющим ересь. Под влиянием этого собора Иаков II издал 22 апреля 1292 г. указ, по которому все королевские чиновники предоставлялись в распоряжение инквизиторов и все их расходы принимались на счет королевства.
В 1302 г. инквизитор совершил несколько аутодафе, на которых много еретиков было передано в руки светских властей. В 1304 г. на аутодафе все избежавшие костра были с одобрения короля Иакова изгнаны из королевства. В 1314 г. инквизиция открыла много еретиков, одни из них были сожжены, другие изгнаны. Но в 1325 г. с одобрения короля Иакова II кортесы (сословно-представительные собрания) запретили инквизиционное судопроизводство и пытку.
Тем не менее в 1344 г., когда изгнанные инквизитором из Тулузы вальденцы искали убежища за Пиренеями, Климент VI просил королей и прелатов Арагона и Наварры помочь инквизиции уничтожить беглецов.
Около 1356 г. инквизитором Арагона папа назначил Николая Эмерика, служившего более тридцати лет. Эмерик настаивал на неограниченных прерогативах и неотъемлемых привилегиях святого трибунала и признавал за еретиком только одно право выбора между подчинением и костром.
Эмерик жалуется, что трудно находить средства для оплаты издержек инквизиции. Но короли Арагона не считали себя обязанными содержать святой трибунал; епископы старались уклоняться от выполнения лежавших на них обязанностей. Конфискации давали немного или совсем ничего, так как еретики были бедняки. Появилась было надежда на более богатую поживу в 1359 г., когда бежали в Арагон обратившиеся в христианство и снова отпавшие евреи графства Венессен; но Иннокентий IV послал к ним своего собственного инквизитора Бернара дю Пюи, которому король Петр IV предоставил полное право разыскивать и наказывать вероотступников.
В течение долгого служения Эмерика ересь в Арагоне стала редкостью. Иногда инквизитору удавалось найти несколько вальденцев, фратичелли, евреев-вероотступников или сарацин-ренегатов; время от времени он накладывал свою руку на какого-нибудь безобидного сумасшедшего, мания которого принимала религиозное направление, или на какого-нибудь тонкого казуиста, заблудившегося в догматическом богословии. Так, например, около 1360 г. в самом начале своей деятельности Эмерик сжег как еретика-рецидивиста некоего Николая Калабрийца, который упорно настаивал, что его учитель, Мартин Гонсальво де Куенка, был сыном Божиим, которому предназначено вечно жить, обратить мир и в день Страшного суда умолять за всех умерших, которых он выведет из ада.
В 1371 г. Эмерик, благодаря решению Григория IX, заставил молчать францисканца Педро Бонагету, учившего, что если освященная облатка (пресный хлебец для причастия) будет запачкана или как-то осквернена, то тело Христа вознесется на небо и облатка станет простым хлебом. Около этого же времени Эмерику доставило много неприятностей дело крестившегося и вступившего в доминиканский орден еврея, брата Рамона де Таррага, многочисленные философские сочинения которого сильно отзывались ересью. Эмерик два года держал его в тюрьме; затем папа Григорий велел немедленно произвести над ним суд, угрожая инквизитору в случае неповиновения строгим наказанием. Другого еврея, арестованного Эмериком по обвинению в колдовстве и призывании демонов, потребовала светская власть и держала его под арестом, пока папа не приказал выдать его инквизитору, который приговорил его к пожизненному тюремному заключению, предварительно силой заставив его принести отречение.
Еще в 1361 г. Эмерик заставил отречься некоего Бартоло Ханевизио из Майорки, который писал апокалиптические сочинения, сожженные публично. Эмерик учил, что всякий, оказавший помощь сарацинам, должен быть наказан как соумышленник ереси. Но это учение не было введено в практику святого трибунала. Преемником Эмерика после его отстранения от должности в 1386 г. был назначен его смертельный враг Бернардо Эрменгауди. В 1387 г., когда взошел на престол Иоанн I, Эмерик дважды был осужден и изгнан. Король отозвался о нем как о неизлечимом сумасшедшем, враге веры, вдохновляемом Сатаной и напитанном ядом безверия. Эмерик пытался преследовать благочестивого св. Винсента Феррерского за утверждение в одной из проповедей, что раскаяние Иуды Искариота было искренне и спасительно, что Иуда повесился, не будучи в состоянии из-за большой толпы подойти к Иисусу и испросить у него прощения, и получил на небе отпущение своего преступления. Педро де Луна, кардинал Арагона, взял Винсента под свое покровительство и сделал его своим духовником; избранный в 1394 г. в Авиньоне папой под именем Бенедикта XIII, Луна уничтожил все дело Феррера.