Преемник Эмерика Бернардо покарал многих еретиков и уничтожил многие ереси. Инквизитор около 1390 г. арестовал в Валенсии одного священника, который учил, что Христос имел тройственную натуру – божескую, духовную и человеческую; священник избежал костра публичным отречением от своих слов и отделался пожизненным тюремным заключением.
Майоркское королевство, основанное в 1262 г. Иаковом I Арагонским для своего младшего сына Иакова, заключало Балеарские острова, Руссильон и Сердан. Новое королевство потребовало особой инквизиции. Время, когда она была там основана, не известно; первым инквизитором Майорки был брат Рамон Дюрфор, упоминаемый в качестве свидетеля в хартии 1332 г. Он занимал этот пост до 1343 г. С этого времени инквизиторы следуют преемственно. Когда в 1348 г. Петр IV силой присоединил к Арагону соседние области, объединения трибуналов не произошло, хотя в 1351 г. Климент VI в бреве, адресованном доминиканскому провинциалу Арагона, заявляет, что разделение отнюдь не лишает его права назначать инквизиторов. В 1413 г. Бенедикт XIII, признаваемый еще папой в Арагоне, образовал два святых трибунала: графств Руссильона и Сердана и Балеарских островов. Эти два судилища время от времени зажигали костры, на которых сжигали главным образом евреев или сарацин, уличенных в вероотступничестве или колдовстве. В 1420 г. Мартин V по ходатайству короля и консулов Валенсии преобразовал эту провинцию в особый инквизиторский округ. Арагонский провинциал назначил на эту должность в 1433 г. инквизитора, который безжалостно преследовал уиклефистов. Его преемники после 1434 г. прославились уничтожением вальденцев.
Около 1440 г. было открыто много еретиков – вальденцев и уиклефистов – инквизиторами и Арагона, и Валенсии. Одним из еретиков позволили воссоединиться с Церковью, других сожгли, как упорствующих.
Николай V в 1447 г. отделил инквизицию Каталонии от арагонской, а в 1459 г. было произведено новое разделение: генерал-министр доминиканцев преобразовал в самостоятельный трибунал барселонскую епархию.
Фердинанд Католик, занявший уже в 1474 г., по праву своей супруги Изабеллы, трон Кастилии, принял в 1479 г. корону Арагона. Влияние Фердинанда много содействовало восстановлению могущества арагонской инквизиции. При Фердинанде инквизиция Арагона действовала под управлением доминиканца.
Королевство Кастилии и Леона, занимавшее большую часть Пиренейского полуострова, не знало тяжести средневековой инквизиции; это государство пользовалось большей независимостью от Рима, чем все остальные в ту эпоху. Частные затруднения, которые создавало присутствие в Кастилии большого числа покоренных евреев и мавров, скорее осложнялись, чем разрешались инквизицией. Объединение Арагона и Кастилии под владычеством Фердинанда и Изабеллы и завоевание Гренады позволило королевской чете серьезно приняться за дело водворения силой единства веры. До этой поры, несмотря на доминиканские легенды, в Кастилии на практике не было инквизиции.
Между тем даже в таком отдаленном городе, как Леон, катаризму удалось пустить корни. Один катар был сожжен около 1218 г. в том месте, где сваливались все нечистоты. Много катаров изгнал епископ Родриго, умерший в 1232 г.
Открыв в 1236 г. еретиков в Валенсии, Фердинанд III приказал опалить им лица, и эта мера заставила их одуматься и просить прощение. Король часто требовал от своих подданных доставки дров для наказания не раскаявшихся еретиков.