Духовенство и его друзья не могли спокойно позволить лишить себя привилегий и богатств. Проповедников, обличивших пороки духовенства, заключили в тюрьму как еретиков и изгнали. Против сочинений Уиклифа было поднято ожесточенное преследование. Слабой стороной этих сочинений с богословской точки зрения было учение о пресуществлении (превращении хлеба и вина в плоть и кровь Христа). Хотя Гус и его ученики и не приняли этого учения, но все же оно оставалось слабым местом, где легко было произвести нападение. Синод 1405 г. самым решительным образом подтвердил учение о пресуществлении; всякий, несогласный с этим, был объявлен еретиком и на него приказано было доносить архиепископу, чтобы тот наказал его. В 1406 г. это было снова подтверждено в еще более угрожающей форме, откуда можно заключить, что теории Уиклифа имели упорных защитников; это засвидетельствовано также и небольшим трудом Фомы Штатного, написанным в 1400 г. Уже в 1403 г. университет формально осудил двадцать пять положений, извлеченных из сочинений Уиклифа. По поводу этих книг возник ожесточенный спор. В 1408 г. осуждение было подтверждено; в 1410 г. архиепископ Збинек торжественно сжег во дворе своего дворца двести экземпляров запрещенных книг.
В борьбе против уиклифитов король Венцеслав благоразумно остался нейтральным; в 1408 г. он склонил университет послать депутацию кардиналам, которые не повиновались ни Бенедикту XIII, ни Григорию XII. Среди депутатов находились Стефан Палеч и Станислав Цнаимский, но в Болонье депутация в полном ее состав попала в руки папского легата Бальтасара Косса (впоследствии папы Иоанна XXIII), который всех депутатов заключил в тюрьму как подозреваемых в ереси, и только с большим трудом удалось добиться их освобождения. Это охладило рвение Стефана и Станислава; они из самых горячих друзей Гуса стали его самыми опасными и неумолимыми врагами.
В этом деле университет не пошел навстречу желаниям короля. Гус воспользовался недовольством Венцеслава, чтобы вызвать революцию в университете, который до этого времени более всех мешал его проектам реформы. Университет, как обычно, был разделен на четыре национальности, из которых каждая имела голос, и, таким образом, голоса иностранцев всегда подавляли голос чехов. Было решено поэтому ввести порядок Парижского университета, где французы располагали тремя голосами, а все иностранцы вместе – одним. Нерешительность Венцеслава затянула решение, и король подписал указ только в январе 1409 г. Тогда профессора и студенты-немцы поклялись или добиться отмены этого указа, или покинуть университет; все их протесты не привели ни к чему, и они, покинув Прагу, основали свой университет в Лейпциге и распространили по всей Европе слух, что Чехия – гнездо еретиков. Уиклифизм беспрепятственно стал распространяться на всю страну. Тщетно Александр V и Иоанн XXIII приказывали Збинку уничтожить ересь; тщетно воинственный прелат созывал собрания и издавал грозные указы. Збинек, в конце концов, отказался в 1411 г. от своей неблагодарной кафедры и вскоре умер.
Новый архиепископ Альбик из Уничова, бывший до этого врачом Венцеслава, был совершенно неспособен бороться с новым учением. Он в 1413 г. отказался от своих обязанностей. Его преемник Конрад из Вехты после некоторого колебания связал свою судьбу с судьбою сторонников Гуса. Во время этих волнений в Праге основалась папская инквизиция, но и она в гуситском движении не заметила ничего такого, что требовало бы ее вмешательства. Однако она была в состоянии действовать против вальденцев и других признанных еретиков. Когда в 1408 г. король Венцеслав приказал архиепископу Збинку произвести тщательный розыск ереси, то священник церкви Св. Духа в Праге Николай из Виллемоница был осужден как еретик инквизиторами и заключен в тюрьму за утверждение, что он может с разрешения Христа проповедовать без разрешения епископа. Гус вступился за узника, но освобождение его было отложено, так как он отказался на Евангелии подтвердить клятву, данную им перед Богом.
Ян Гус
Одним из обвинений, выставленных против Гуса в Констанце, было проявление им расположения к вальденцам и другим еретикам. Однако, предпринимая свое роковое путешествие в Констанц, Гус получил от папского инквизитора, епископа Назаретского Николая, официальное удостоверение, заверенное нотариусом, в котором говорилось, что инквизитор знает Гуса уже давно и очень коротко, что никогда не сдыхал от него ни одного еретического слова и что никто никогда не доносил инквизиции на него как на еретика. Но между учением Гуса и вальденцев было очень много общего, так что Гус не мог не чувствовать некоторой симпатии к этим еретикам. Во время этого смутного времени влияние вальденцев сильно возросло, и еретики действовали открыто.