2 ноября Гус прибыл в Констанц. После непродолжительного спора один из пап-соперников Иоанна XXIII снял с него отлучение и разрешил ему свободно посещать церкви: в то же время ему предложили не являться на торжественное открытие собора. В Констанц прибыли два его самых ожесточенных врага, Михаил Дейчброд и пассауский декан Венцеслав Тим, к ним присоединился Стефан Палеч, привезший с собой ловко сделанные выборки из наиболее крайних сочинений Гуса. Тим торговал в Праге индульгенциями, его «дело» сорвал Туе. Пражский священник Михаил Дейчброд уверил короля Венцеслава, что может сделать производительными заброшенные золотые копи близ города.Король дал ему на это предприятие много денег, но он бежал сденьгами в Рим, где купил себе место прокуратора. В 1412 г. он послал в Рим обвинения против Гуса, но последний заявил, что они ложны. На другой день по приезде Гуса в Констанц Михаил прибил на дверях церквей объявление, что он будет обвинять на соборе Гуса, как отлученного от Церкви и подозреваемого в ереси.
В глазах католиков было уже возмутительным фактом одно то, что Гус разгуливает на свободе, открыто не обращая внимания на отлучение папы и защищая уже признанные заблуждения Уиклифа. Было весьма вероятно, что Гус выполнит свое намерение обратиться с проповедью к духовенству и безжалостно и красноречиво обрисовать пороки папского двора и всего духовенства, доказать на основании Св. Писания, что вся система совершенно не основана на законе Христа.
Самым верным средством было поступить с Гусом по существующим законам, как с еретиком и подсудимым. Стефан Палеч, Михаил Дейчброд и множество других чешских докторов и священников, задетых Гусом, уже собрали больше обвинений, чем было нужно для погибели человека. Инквизиционное судопроизводство прежде всего старалось помешать обвиняемому бежать. Кардиналы решили арестовать его. 28 ноября они устроили заседание во главе с папой и послали к Гусу вызов явиться для защиты своей веры. Гус, хотя и заявил, что этот вызов является нарушением охранной грамоты, но тотчас же согласился отправиться, заметив, однако, при этом, что явился в Констанц выступить публично перед собором, а не тайно перед кардиналами, и добавив, что его не имеют права заключить в тюрьму в силу охранной грамоты. Когда кардиналы сказали, что он обвиняется в распространении многих еретических учений, Гус ответил, что скорее умрет, чем даст уличить себя хотя бы в одной ереси: он явился в Констанц, готовый отречься, если будет признан виновным в заблуждении. На это кардиналы заметили: «Ты ловко ответил», и допрос окончился. Но Иоанн XXIII повелел Гуса и Яна Хлумского заключить под стражу. У кардиналов опять состоялось заседание, на котором действовали Стефан Палеч и Михаил Дейчброд. С арестованным Гусом вступил в беседу на сложные богословские темы магистр Дидако, знаменитый ломбардский богослов, подосланный кардиналами.
С наступлением ночи Яна Хлумского отпустили, но Гуса под стражей отвели по приказанию лозаннского епископа к старшему певчему собора, а через восемь дней перевели в доминиканский монастырь на берегу Рейна. Здесь его заперли в келью рядом с отхожим местом, где он опасно заболел. Но его смерть была нежелательна, и папа послал лечить его своих врачей.